توفى في كربلاء فجأة في رجب سنة ١٢٥٣ وحمل إلى النجف الأشرف فدفن في مقبرتهم. المالكي نسبة إلى آل مالك من قبائل عرب العراق. ذكره سبط أخيه الشيخ علي ابن الشيخ محمد رضا ابن الشيخ موسى أخي المترجم في كتابه ( طبقات الشيعة ) فقال : كان عالماً فاضلاً ورعاً زاهداً عابداً فقيهاً أصولياً مجتهداً محققاً مدققاً وله صدارة التدريس بعد أخيه الشيخ موسى ومجلس الإفتاء.

تخرج على يده من مشاهير الفقهاء : الشيخ مشكور الحولاوي والشيخ مرتضى الأنصاري والشيخ جعفر التستري. وكتب عنه الكثير وعددوا زعامته الدينية والزمنية ونضدوا مآثرة وفواضله وإليك ما جاء في كتاب ماضي النجف :

الشيخ علي ابن الشيخ الكبير أحد أنجال الشيخ الأربعة الأعلام الذين نهضوا بأعباء الزعامة ، كان عالماً فاضلاً تقياً ورعاً زاهداً مجتهداً ثقة عدلاً جليل القدر عظيم المنزلة إليه انتهت الرياسة العلمية ورجعت إليه الفتيا والقضاء بعد أبيه وأخيه الشيخ موسى من كافة الأقطار الشيعية لا تأخذه في الله لومة لائم كثير الذكر دائم العبادة.

كان والده الشيخ الكبير يعظمه كثيراً ويفديه بنفسه كما تشعر بذلك