حذف شدند و به همين دليل آقاى كروبى در شورا، انتقاداتى را مطرح كرد كه مؤثر واقع نشد. در نتيجه آقايان سيد محمد خوئينى‌ها و سيد محمد خاتمى با توجّه به عملكرد جامعه روحانيت مبارز، ضمن ملاقات با آقاى كروبى، پيشنهاد انشعاب و تأسيس يك تشكيلات مستقل از جامعه روحانيت را مطرح كردند و تصميم بر آن شد كه آقايان كروبى و خوئينى‌ها در مورد تشكيلات جديد با امام خمينى ملاقات كرده، نظر موافق ايشان را جلب كنند. امّا به دليل بسترى بودن آقاى كروبى در بيمارستان، آقاى خوئينى‌ها به تنهايى در اسفند ماه ١٣٦٦ ه. ش. با امام (ره) ملاقات كرد و بر خلاف آنچه تصور مى‌شد، امام با اين جدايى موافقت كردند و در نتيجه، مجمع روحانيون مبارز در فروردين ١٣٦٧ ه.
ش. فهرست جداگانه‌اى در تهران براى مجلس سوم ارائه داد و پس از برگزارى انتخابات به طور رسمى و با اجازه كتبى امام (ره) اعلام موجوديت كرد. «١» از اين تاريخ به بعد، مجمع روحانيون مبارز به طور مستقل و جدا از جامعه روحانيت مبارز در صحنه سياسى كشور حضور پيدا كرد و پس از پيروزى آقاى سيد محمد خاتمى در خرداد ١٣٧٦ ه.
ش. و تشكيل جناح دوم خرداد، به عنوان يكى از گروه‌هاى مهم و تأثيرگذار در آن، به حيات سياسى خود ادامه داد.
جبهه مشاركت ايران اسلامى‌ پس از شكست جناح به اصطلاح چپ يا مجمع روحانيون مبارز در