و شورايى موقت به رياست خود تشكيل داد. امام خمينى (ره) نيز طى نامه‌اى از اعضاى سازمان خواست كه با آيت‌الله راستى كاشانى همكارى كرده و يا استعفا دهند. در نتيجه ٣٧ نفر از جناح چپ سازمان در دى‌ماه ١٣٦١ ه. ش. استعفا دادند و سازمان روز به روز ضعيف‌تر شد تا اين كه سرانجام در سال ١٣٦٥ ه. ش. آيت‌الله راستى كاشانى از نمايندگى امام (ره) استعفا داد و سازمان را نيز منحل نمود.
شايان ذكر است به رغم ادعاهاى شعارگونه شوراى مركزى، مبنى بر ولايت پذيرى و اطاعت از ولى فقيه و پيروى محض از نظرات امام خمينى (ره)، آنان هيچ گاه در عمل از نظرات نماينده منتخب وى پيروى نكردند و حتى پس از آن كه امام نظر صريح خود را در مورد نظارت و دخالت نماينده خود بيان كرد و آنها نيز به صحت آن پى بردند، هيچ اطاعتى از امر ولى فقيه نكرند، بلكه در اقدامى اعتراض گونه، دسته‌جمعى استعفا نمودند.
ج) تشكيل سازمان مجاهدين انقلاب اسلامى ايران و مواضع آن‌ پس از پايان جنگ و در سال ١٣٧٠ ه. ش. اعضاى مستعفى سازمان قبلى، شامل بهزاد نبوى، محمد سلامتى، محسن آرمين، سيد مصطفى تاج زاده، هاشم آغاجرى و ... اقدام به تجديد حيات سازمان نموده و اين بار به عنوان «سازمان مجاهدين انقلاب اسلامى ايران» (با اضافه كردن نام ايران به آخر نام قبلى سازمان)، به طور رسمى از وزارت كشور اجازه فعّاليّت گرفتند. دبيركل اين سازمان، محمد سلامتى است و از آن تاريخ تا