آبان ١٣٥٨ ه. ش. توسط دانشجويان پيرو خط امام (ره) شد. امام خمينى (ره) اين اقدام انقلابى دانشجويان را مورد تأييد قرار داد و فرداى آن روز، بازرگان استعفاى خود را تقديم امام (ره) كرد كه بلافاصله مورد موافقت ايشان قرار گرفت. «١» بعدها، اسناد همكارى تعدادى از اعضاى نهضت آزادى و تعدادى از اعضاى دولت موقت با لانه جاسوسى آمريكا به دست آمد و مشخص گرديد كه يكى از دلايل مهم استعفاى بازرگان نيز همين مسأله بوده است.
از جمله اين افراد عباس امير انتظام، معاون نخست‌وزير و سخنگوى دولت، بود كه دستگير، محاكمه و زندانى شد. (التبه در زمان دستگيرى، وى سفير ايران در كشورهاى اسكانديناوى بود.)
نهضت آزادى پس از شكست دولت موقت، مبارزه خود عليه نظام را از طريق مجلس شوراى اسلامى پيگيرى كرد و موفق شد در مجلس اوّل چند كرسى را به خود اختصاص دهد. امّا پس از آغاز جنگ تحميلى و حوادث سال ١٣٦٠ ه. ش. عمر آن در مجلس نيز به پايان رسيد.
اين گروه تا سال ١٣٦١ ه. ش. حمايت عمومى خود را از دفاع مقدس ابراز مى‌داشت، امّا پس از فتح خرمشهر، به تدريج زمزمه‌هاى مخالفت با استمرار جنگ را آغاز كرد و در سال‌هاى اوج جنگ، نغمه‌هاى شوم و نوشته‌هاى زهرآلود نهضت آزادى، سبب خشم بيشتر مردم شد. سرانجام امام خمينى (ره) در بهمن ماه ١٣٦٠ ه. ش. در پاسخ تاريخى كه به نامه على اكبر محتشمى پور، وزير وقت كشور، اين گروه را غير قانونى اعلام‌كرد. «٢»