رياست جمهورى آقاى هاشمى از سوى ديگر، باعث تشديد اختلافات ميان دو گروه شد. علاوه بر اين، اختلاف نظرها و ديدگاه‌هاى متفاوت مجمع و جامعه و نيز عملكرد بعضاً اشتباه دو گروه، دامنه اختلافات را تشديد كرد. سرانجام در آستانه انتخابات مجلس چهارم (١٣٧١) و ردّ صلاحيت عده زيادى از اعضاى جناح چپ توسط شوراى نگهبان، اختلافات به اوج خود رسيد. در اين انتخابات (فروردين ١٣٧١) جامعه روحانيت مبارز و تشكل‌هاى همسو با شعار «اطاعت از رهبرى، حمايت از هاشمى» توانست اكثريت قريب به اتّفاق مجلس شوراى اسلامى را به دست آورد. «١» بدين شكل، موقعيت اين گروه براى اولين بار پس از جدايى، مستحكم شد و مجمع روحانيون مبارز تقريباً از صحنه كنار رفت.
در انتخابات رياست جمهورى سال ١٣٧٢ ه. ش. با توجّه به اين كه جناح چپ نتوانست نامزدى براى رياست جمهورى معرفى كند، جامعه روحانيت مبارز و تشكل‌هاى همسو، با قدرت بيشترى وارد انتخابات شد و علاوه بر آيت‌الله هاشمى رفسنجانى، آقايان احمد توكلى، عبدالله جاسبى و رجبعلى طاهرى نيز كانديد شدند. ولى به پيروزى دوباره آقاى هاشمى رفسنجانى انجاميد.
دولت دوم آقاى هاشمى با حذف چند نفر باقى مانده وابسته به جناح چپ، از جمله عبدالله نورى، مصطفى معين و عبدالحسين وهاجى از وزارتخانه‌هاى كشور، علوم و تحقيقات و فنّاورى و بازرگانى به مجلس معرفى شد و به استثناى محسن نوربخش از مجلس رأى اعتماد گرفت.