٢- سازماندهى مجدد: پس از ضربه فوق، سازمان تا مرز انهدام پيش رفت. امّا ابتدا توسط رضا رضايى كه از زندان گريخته بود و سپس با كشته شدن وى و محمود شامخى و دستگيرى كاظم ذولانوار، توسط تقى شهرام، بهرام آرام و مجيد شريف واقفى با برقرارى تماس با هواداران، دوباره سازماندهى شد و شروع به فعّاليّت كرد. «١» ٣- ضربات سازمان‌به رژيم: دراين دوره سازمان ضمن تحمل‌ضربات سنگين، ضرباتى نيز به رژيم وارد كرد كه مهم‌ترين آنها، به قتل رساندن ژنرال پرايس، فرمانده مستشاران آمريكا در ايران، سرهنگ لوئيز هاوكينز و سرتيپ زندى‌پور، رئيس كميته مشترك ضد خرابكارى ساواك بود. «٢» ٤- تغيير مواضع ايدئولوژيك: در سال ١٣٥٤ ه. ش. شهرام و آرام، بيانيه‌اى تدوين‌كرده و انتشار دادند و اعلام‌كردند كه پس از سال‌ها مطالعه به اين نتيجه رسيده‌ايم كه ماركسيست بهترين ايدئولوژى براى مبارزه عليه رژيم شاه است. بدين شكل، مجاهدين كه از اوّل افكار التقاطى‌شان مشخص بود، به طور رسمى اسلام را از سازمان كنار گذاشتند.
مرحله سوم؛ دودستگى، نفاق و تصفيه‌هاى خونين (١٣٥٤- ١٣٥٧): پس از اعلام تغيير مواضع ايدئولوژيك، سازمان وارد مرحله جديدى شد. در اين مرحله، ابتدا گروهى از جوانان مسلمان و مؤمن به شدت به اين عمل اعتراض كرده و از سازمان خارج شدند. ولى به دستور تقى شهرام و بهرام آرام، مجيد شريف واقفى و مرتضى صمديه لباف ترور شدند. شريف‌