اطلاعات از اعمال خلاف وى، حجت‌الاسلام محمدى رى‌شهرى، وزير وقت اطلاعات، موضوع را به امام خمينى (ره) گزارش داد. رهبر انقلاب طى حكمى به آقاى رى‌شهرى، لزوم برخورد قاطع با افراد ضد انقلاب و منحرف وابسته به مهدى هاشمى را مورد تأكيد قرار داد. به دنبال اين دستور، سيد مهدى هاشمى و گروهش دستگير، زندانى و بازجويى شدند. «١» سرانجام در سال ١٣٦٥ ه. ش. سيد مهدى هاشمى به اتهاماتى از قبيل قتل چند چهره مذهبى، رابطه با ساواك، بيرون بردن غيرقانونى مقدار فراوانى اسلحه و مهمات از سپاه پاسداران، افشاگرى عليه كشور، ايجاد جوّ نزاع و اختلاف بين مسؤولان، شايعه پراكنى و ... اعتراف كرد و محكوم به اعدام شد. حكم اعدام او و همدستش، فتح‌الله اميد نجف‌آبادى، در ششم مهر ١٣٦٦ ه. ش. به اجرا درآمد. «٢» دستگيرى، بازداشت و محاكمه سيد مهدى هاشمى، از همان ابتدا با مخالفت و مقاومت آقاى منتظرى روبه‌رو شد. امام امت (ره) كه اجراى حق و عدالت و مقابله با توطئه‌هاى دشمنان و حفظ نظام را از اهم واجبات مى‌دانست، درباره مسأله سيد مهدى هاشمى نيز معتقد بود كه متهمان در هر مقام و منصبى كه باشند، بايد عادلانه محاكمه شده و به سزاى اعمالشان برسند. به همين دليل، در تاريخ ١٢/ ٧/ ١٣٦٥ طى نامه‌اى خطاب به آقاى منتظرى، ضمن ابراز علاقه به وى، او را به عدم‌