٦- نسخه خطّى ٥٢١٢ مجلس شوراى اسلامى نوشته ١٠٩٤ ه. ق. كه شامل همه بخش‌هاى منطق، طبيعيّات و الهيّات مى‌باشد. نسخه‌اى است كامل و كم غلط كه عبارات متن اشارات را هم به طور كامل آورده است.

٧- نسخه خطّى به شماره ١٨٨٩ كتابخانه خدابخش اورنبيل در پتنه هند كه احتمالا نوشته حدود ٧٠٠ ه. ق. است. اين نسخه شامل همه بخش‌هاى منطق و فلسفه است. عبارت «بلغ مقابلة» در حواشى آن، و اصلاحات و اضافاتى كه در متن و حاشيه اوراق اين كتاب ديده مى‌شود حكايت از آن دارد كه با نسخه‌اى ديگر مقابله شده است. با همّت و تلاش پى‌گير دوستانى كه در كشور هندوستان به تحصيل اشتغال داشتند توانستيم ميكرو فيلمى از اين نسخه تهيه كنيم.

٨ و ٩- نسخه خطّى شماره ١٨٩٠ و ٣٥٨٥ كتابخانه خدابخش هند كه اوّلى داراى ٧٩ برگ و دوّمى داراى ٢٧٠ برگ مى‌باشد. (نگ: مفتاح الكنوز (فهرست مخطوطات عربى كتابخانه خدابخش اورنبيل پتنه): ج ٢؛ ص ٢١٢ و ج ٣؛ ص ١٤٢). متأسّفانه تاكنون عكس يا ميكرو فيلمى از اين دو نسخه نتوانسته‌ايم تهيّه كنيم و اطّلاعى از كامل يا ناقص بودن و كيفيّت و اعتبار اين نسخه‌ها نداريم.

١٠- نسخه خطّى به شماره ٣٨ ج كتابخانه دانشكده الهيّات دانشگاه تهران كه احتمالا نوشته سده يازدهم هجرى است. (فهرست نسخه‌هاى خطّى كتابخانه: ص ٤٦٧) اين نسخه خوانا و شامل همه بخش‌هاى منطق و فلسفه بوده و با نسخه شماره ١٨٨٩ هند هماهنگ است، امّا داراى افتادگى‌ها و اغلاطى نيز مى‌باشد.

١١- نسخه خطّى ٨٨٤١ كتابخانه آستان قدس رضوى كه سال تحرير آن ١٠٣١ ه. ق. مى‌باشد. اوائل اين نسخه بازنويسى شده است. اين نسخه شامل همه بخش‌ها بوده ولى داراى افتادگى‌ها و اغلاط بسيارى مى‌باشد.

بخش طبيعيّات و الهيّات كتاب «شرح اشارات امام فخر رازى» يكبار در سال ١٢٩٠ ه. ق. در «دار الطّباعة العامرة» و بار ديگر در سال ١٣٢٥ ه. ق. در «مطبعة الخيريّه» در مصر در حاشيه شرح اشارات خواجه نصير الدين طوسى به نام «شرحى الاشارات» چاپ شده است. اين دو طبع با آن كه به لحاظ ظاهرى و صفحه آرائى با هم تفاوت دارند ولى به لحاظ ضبط كلمات و وجود اغلاط عين يكديگر بوده و هيچ تفاوتى بين آنها نيست و احتمالا چاپ دوّم از روى اوّلى حروفچينى شده است. هر دو طبع فاقد بخش منطق بوده و ظاهرا از بخش منطق شرح اشارات امام فخر رازى نسخه چاپى در دسترس نيست.