با آنكه وقت زيادى را براى مطالعه فهرست‌هاى نسخ خطّى كتابخانه‌هاى مهم دنيا به اميد پيدا كردن نسخه‌هاى خطّى بيشترى از كتاب «شرح اشارات امام فخر رازى» صرف كرديم، ولى آنگونه كه انتظار داشتيم متناسب با اهميّت و شهرت كتاب بر نسخه‌هاى قديمى و نفيس زيادى از اين اثر اطلاع پيدا نكرديم. و تا آنجا كه ما اطلاع يافته‌ايم از اين كتاب چند نسخه خطّى در كتابخانه‌ها موجود است كه به معرّفى آنها مى‌پردازيم:

١- نسخه خطّى به شماره ٦٨٩ كتابخانه آستان قدس رضوى مشهد: نسخه‌اى قديمى است به قلم عبد اللّه بن عبد الواحد جعفرى كه در سال ٦٥٣ ه. ق. نوشته شده است. اين نسخه ظاهرا شامل همه بخش‌هاى منطق و فلسفه بوده كه متأسفانه بخش منطق آن و بخش طبيعيّات تا اواسط نمط دوّم مفقود شده است. بخش‌هاى باقيمانده كتاب كامل، بدون افتادگى، كم غلط و با خط خوانا نوشته شده است. در حاشيه آن گاهى عبارت «بلغ مقابلة» نيز ديده مى‌شود كه حكايت از آن دارد كه با نسخه‌اى ديگر مقابله شده است.

٢- نسخه خطّى به شماره ٦٢٦٢ كتابخانه اوقاف بغداد كه به گفته عبد اللّه الجبورى نسخه‌اى نفيس و متقن است كه آن را نصر اللّه بن حسن بن أفضل الكامل در سال ٧٦٦ ه. ق. نوشته است. (فهرست مخطوطات عربى كتابخانه عمومى اوقاف در بغداد؛ از عبد اللّه الجبورى، ج ٤؛ ص ٦٠). امّا اخبار واصله از عراق حكايت از آن دارد كه با كمال تأسّف اين كتابخانه پس از لشگركشى و سلطه اشغالگران آمريكائى بر سرزمين اسلامى عراق در ناامنيها و غارتگريها طعمه حريق گشته و كتب و نسخ خطّى آن يا در آتش سوخته و يا به غارت رفته است و از سرنوشت اين نسخه اطلاعى در دست نيست.

٣- نسخه خطّى ١٩٨٥ كتابخانه مركزى دانشگاه تهران به خط نسخ سده‌هاى هفتم و هشتم هجرى است (فهرست دانشگاه تهران: ج ٨؛ ص ٥٩٤). بخش منطق و طبيعيّات اين نسخه تا اوائل نمط سوّم مفقود گرديده و چند صفحه از اوائل نمط چهارم آن بازنويسى شده است.

٤- نسخه خطّى ٥٢٨٥ مجلس شوراى اسلامى در تهران كه احتمالا در سده دهم هجرى نوشته شده است (فهرست مجلس: ج ١٦؛ ص ٢٠٩) اين نسخه فقط شامل منطق و چند صفحه از طبيعيّات مى‌باشد.

٥- نسخه خطّى ١٨٤٧ مجلس شوراى اسلامى كه احتمالا در سده يازدهم هجرى نوشته شده است (فهرست مجلس: ج ١٦؛ ص ٤٣) نسخه‌اى است كامل، خوانا و كم غلط كه شامل همه بخش‌هاى منطق و فلسفه مى‌باشد. اين نسخه در اختيار مرحوم تنكابنى بوده و ايشان تا پايان بخش منطق آن را مقابله كرده و در بعضى مواضع بر آن حاشيه نوشته است. در پايان بخش منطق آن اين عبارت ديده مى‌شود: «در