حركات فرهنگى سياسى امام على‌النقى، عليه‌السلام، به دستگاه خلافت گزارش مى‌شد و موج ترس در دل خلفاى عباسى فزونى مى‌يافت تا اينكه متوكل طى نامه‌اى از امام خواست تا به سامرا رود.

مردم مدينه از تبعيد امام به سامرا خشمگين شدند. يحيى بن هرشمه، حامل نامه، كوشيد تا مردم را آرام كند و براى اين منظور سوگند ياد كرد كه من هيچگونه ماموريتى كه متضمن آسيب رساندن به امام باشد، ندارم و هيچ خطرى او را تهديد نمى‌كند. سپس منزل امام هادى، عليه‌السلام، را تفتيش كرد ولى جز چند جلد قرآن و كتابهاى ادعيه و علوم چيزى نيافت.[١]

امام هادى، عليه‌السلام، كه از اجبارى بودن سفر آگاهى داشت‌[٢]، سه روز پس از دريافت نامه متوكل همراه فرزند خردسالش حسن‌بن‌على، عليه‌السلام، و ديگر اعضاى خانواده به اتفاق يحيى‌بن‌هرشمه مدينه را به قصد سامرا ترك كرد.

بدين ترتيب دوره اول حوزه علميه سامرا با ورود امام هادى، عليه‌السلام، به اين شهر آغاز شد و با امامت امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، ادامه يافت.

دوره اول حوزه علميه سامرا به دو شيوه حضورى و مكاتبه‌اى به تربيت دانش پژوهان و نشر معارف الهى پرداخت. در مكتب امام هادى، عليه‌السلام، به نكات زير بر مى‌خوريم:

١. اصالت قرآن‌

٢. نشر كلام شيعى‌

٣. نشر فرهنگ دعا و زيارت‌

٤. برخورد قاطع با دشمن عقيدتى و سياسى‌

از آنجاكه امام هادى، عليه‌السلام، در دوران تبعيد نيز همان شيوه اصيل را ادامه مى‌داد؛ پس از بيست سال تبعيد به وسيله زهر به شهادت رسيد. لذا از سال ٢٥٤ هجرى امامت به امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، رسيد.

دوره امامت امام يازدهم همه در سامرا و در حال تبعيد بوده است و از اين رو به ايشان عسكرى مى‌گويند. حضور امام در اين شهر مى‌توانست براى حوزه علميه سامرا نقش آفرين باشد، ليكن امام همواره تحت نظر بوده و شيعيان كمتر مى‌توانستند ايشان را ملاقات نمايند.

امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، در ايام هفته بايد روزهاى دوشنبه و پنج شنبه به مركز حكومت مى‌رفت‌[٣]، بدين صورت حضور خود را اعلام مى‌كرد. و زمانى بود كه شيعيان فقط وقتى مى‌توانستند امام، عليه‌السلام، را ببينند كه امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، از منطقه‌اى به منطقه ديگرى مى‌رفتند و حضور مستقيم با امام ممكن نبود.[٤]

با اين همه ازدحام مردم در يوم‌النوبة روز رفتن به دارالخلافة حاكى از شور و شعف آنان نسبت به امام شيعيان و خاندان طهارت بود. اين جمعيت گاه از شيعيان مناطق مختلف بودند كه بدين گونه به حضور امام خويش مى‌شتافتند.[٥]

با توجه به محدوديتى كه امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، در دوران امامت خويش داشت، از هر فرصتى براى نشر معارف الهى استفاده مى‌نمود و ٢٦٣ تن از معاصران آن حضرت روايات ايشان را نقل نموده‌اند.[٦] و اينك ما رواياتى در اصول اعتقاد، فقه و تفسير داريم كه از ايشان نقل گرديده است.[٧]

امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، براى رسيدگى به امور شيعيان روزهايى را به صورت مخفى معين مى‌كردند تا شيعيان در يكى از منازل شيعه جمع شده و به حل مشكلات فرهنگى و سياسى‌شان بپردازند[٨] و گاه از راه اعجاز در مناطق دور حضور پيدا مى‌كردند.[٩]

تفسيرى منسوب به امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، كه شامل تفسير سوره حمد و قسمتى از سوره بقره و كتاب ديگرى تحت عنوان المقنعة فى ابواب‌الشريعة منسوب به ايشان است.

در عصر امام حسن عسكرى، عليه‌السلام، نيز قيامهاى علوى ادامه داشت و برخى از رجال شيعه دست به انقلاباتى عليه عباسيان مى‌زدند تا حقوق خويش را دريافت دارند و هويت سياسى، اجتماعى شيعه را تثبيت نمايند. از جمله انقلابهايى كه در اين دوره روى داده است، عبارتند از:

١. نهضت حسين بن محمد بن حمزة

٢. نهضت على بن زيد بن الحسين‌

٣. نهضت احمد بن محمد بن‌