آستان قدس رضوي با حدود ٩٥٠٠٠ نسخه قرآن و کتاب خطي، يکي از گنجينه‌هاي علمي جهان اسلام محسوب مي‌شود. فهرست نسخه‌هاي خطي آستان قدس رضوي که به ترتيب الفبايي تنظيم گرديده تاکنون در ٢٨ جلد منتشر شده است.

٢-٥. فهرست نسخه‌هاي خطي کتابخانه آيت‌الله مرعشي

اين فهرست توسط سيد احمد حسيني اشکوري تاکنون در ٤٢ جلد تنظيم شده است. به‌تازگي کار فهرست‌نويسي ١٧٠٠٠ نسخه چاپ سنگي و سربي قديمِ شبه قاره هند که شامل کشورهاي هند،‌ پاکستان،‌ بنگلادش و افغانستان است در کتابخانه آيت‌الله مرعشي توسط علي صدرايي خويي شروع شده که تاکنون پنج هزار نسخه در ده جلد انتشار يافته است.

٣-٥. فهرست نسخه‌هاي خطي کتابخانه مجلس شوراي اسلامي

تاکنون ٥٢ جلد از فهرست نسخه‌هاي خطي کتابخانه مجلس شوراي اسلامي چاپ شده که در آن ١٩٣٠٠ نسخه خطي معرفي شده است.

٤-٥. فهرست نسخه‌هاي خطي کتابخانه دانشگاه تهران

اين فهرست تاکنون در ٢١ جلد انتشار يافته است. جلد نخست آن در مورد قرآن و کتاب‌هاي دعاست که علي‌نقي منزوي آن را جمع‌آوري کرده است. جلد نخست تا هفتم اين فهرست بر اساس موضوع و از جلد هشت به بعد بر اساس شماره ثبت نُسخ تدوين شده است.

٥-٥. فهرست نسخه‌هاي خطي کتابخانه مدرسه آيت‌الله گلپايگاني

اين فهرست توسط آيت‌الله رضا استادي و حسيني اشکوري تدوين گرديده است. اين اثر در ٩ جلد،
١٥٦٧٢ عنوان نسخه را معرفي كرده است، البته تعداد نسخه‌هاي خطي کتابخانه آيت‌الله گلپايگاني حدود ١٠ هزار نسخه است كه با در نظر گرفتن نسخه‌هاي امانتي اين کتابخانه به اين رقم رسيده است. تمامي كتب خطي موجود به زبان عربي، فارسي و لاتين اين کتابخانه نيز در اين فهرست گنجانده شده‌ است.