آن جا كه متجاوز از ده سال است كه گروهى از نزديك‌ترين ياران او به جرم خدمت و ديانت به رندان افتاده‌اند و از سرنوشت آنان خبرى نيست، حتى يكى از فرزندان او يعنى آقاى سيد ابراهيم خوئى به وسيلهء بعثيان ربوده شده و هيچ نوع نام و نشانى از او در دست نيست.
او به خاطر ناملايمات از يك طرف و كبر سن از طرف ديگر دچار بيمارى سختى شد و هرچه علاقه‌مندان و بزرگان تلاش كردند كه براى او پزشكى از خارج بياورند و يا او را به خارج ببرند، حزب بعث با آن موافقت نكرد و سرانجام به بيمارستان بغداد منتقل گشت و با يك مداواى مرموز، او را مرخص كردند و هيچ روشن نيست كه چگونه و به چه علّتى از جهان رفت و در تاريخ مرجعيت شيعه اين مسائل به تجربه ثابت شده است هر مرجعى كه به بيمارستان بغداد منتقل گشت مرموزانه درگذشت و شما مى‌توانيد اين مسأله را در تاريخ زندگى حاج شيخ احمد كاشف الغطاء (م‌١٣٤٤) و حاج آقا حسين قمى (م ١٣٦٦) و آيت الله حكيم در سال (م‌١٣٩٠) و غيره به روشنى بيابيد.
سرانجام اين مرد بزرگ پس از يك عمر با بركت، طرف عصر روز هشتم ماه صفر ١٤١٣ جان به جان آفرين سپرد و خبر درگذشت او ساعت‌ها مكتوم ماند و سرانجام راديو بغداد مجبور به بازگويى آن شد انتشار خبر درگذشت او موجى از اندوه در ميان شيعيان پديد آورد شيعيان مظلوم عراق كه در خوف و رعب عظيمى به سر مى‌بردند خود را آماده تشييع نمودند
ولى متأسفانه حكومت حتى در خود نجف اجازهء تشييع نداد و آن مرحوم در يك حكومت نظامى محلى در نيمه شب در صحن شريف در مدخل مسجد الخضراء كه جايگاه تدريس او بود به خاك سپرده شد و در تشييع او جر چند