صدد انهدام و فروپاشى آن برآمد، اما مواضع حكيمانه و ايستادگى قهرمانانهء اين مرجع فقيد باعث شد تا سر دشمن بر سنگ خورده و از فكر باطل خود نا اميد گردد.
آرى آيت الله فقيد يكه و تنها در برابر اذيت و آزارهاى رژيم بعث ايستاده و سال‌هاى سخت و سياه دوران جنگ تحميلى و پس از آن، زندانى شدن و به شهادت رسيدن ياران خود را تحمل كرد، اما حوزه را از خطر نابودى نگه داشت.
اينك بعد از وفات آن زعيم بزرگ دست دعا به درگاه خداوند متعال بلند نموده و حيات و بقاء حوزه را خواستاريم.
از ديگر تاثيرات وجودى آيت الله خوئى در حوزهء علميهء نجف، احياء و رواج درس تفسير و علم رجال بود. هر چند پيش از معظم له برخى از بزرگان حوزه همچون حضرات آيات: علامه شيخ محمد جواد بلاغى و مرحوم شيخ عبدالحسين رشتى در دانش تفسير قلم زده و به آن اهميت مى‌دادند ولى هنوز در عداد علوم رايج حوزه و در رديف فقه و اصول قرار نگرفته بود، حتى زمانى فرا رسيد كه به غير از فقه و اصول در حوزهء علمى نجف هيچ دانش ديگرى تدريس نمى‌شد، نه رجال و درايه و نه تفسير و فلسفه. و اين آيت الله خوئى بود كه
با تدريس تفسير و احياء دوبارهء علم رجال اين دو دانش ارزنده را از گوشه انزوا به در آورده و آن را در شمار علوم رسمى حوزه قرار داد.
يكى ديگر از آثار ايشان در حوزهء نجف رايج نمودن نگارش تقريرات بود. مجلس درس با عظمت ايشان مالامال از علماء و فضلاء بود و ترغيب