در سال ٤٠٨ ا خراسان به عراق آمده و ٥ سال در خدمت استادش شيخ مفيد و ٢٢ سال پس از در گذشت شيخ، خوشه چين خرمن استاد ديگرش شريف مرتضى بود و پس از درگذشت شريف، مرجعيت علمى شيعه بر دوش او نهاده شد و آوازهء او در عراق و ايران و نقاط ديگر پيچيد او
به هنگامى كه بر كرسى تدريس مى‌نشست شخصيت‌هاى عظيمى از سنى و شيعه در درس او حاضر بوده و بهره مند مى‌شدند اما متأسفانه فتنه گران و آشوب طلبان و بازيگران صحنهء سياست به روشنى لمس كردندكه شيعه در حال رشد است و مى‌رود كه عراق و ايران و قسمت‌هاى ديگر را در خود هضم كند از اين جهت نقشه كشيدند و با برپا كردن آشوب و اين كه سلف صالح به وسيلهء شيخ طوسى مورد طعن واقع شده بازار كرخ را كه از شيعيان بود آتش زده و دامنهء آتش به خانه و كتابخانهء شيخ كشيده شد عظيم‌ترين كتابخانه شيعه كه در آن خطوط امامان حديث نگهدارى مى‌شد، طعمهء آتش گرديد سردمدار حمله «طغرل بك» با ورود به بغداد اين غائله را رهبرى كرد و جهانى از علم و دانش در آتش فرو رفت و مشايخ شيعه هر كدام راهى منطقه‌اى شده و شيخ طوسى در سال ٤٤٨ پس از دورهء كوتاهى از زندگى مخفى، وارد نجف گرديد و حوزهء نجف را كه حوزهء كوچكى بود، مركز علم و دانش قرار داد و تلاميذ و مشايخ شيعه را از اطراف و اكناف بدانجا خواند، و بار ديگر فروغ تشيع همره با غلغله محدثان و متكلمان و فقيهان و محققان از كنار مرقد مقدس حضرت اميرالمؤمنان (عليه السّلام) درخشيد و از آن زمان تا كنون كه قلم بر روى اين صفحات در حال گردش است، نجف اشرف با فراز و نشيب‌هاى فراوانى پيوسته مرجع شيعيان و جايگاه مراجع تشيع بوده است، و در عين حال مراجع بزرگوار بسان مفيد و سيد مرتضى و شيخ طوسى، در فشار و مضيقه بوده و احياناً