فى شؤون الحوزات العلميهء و العلماء و الفضلاء، و بالنظر للضغوط التى كان يمارسها النظام العراقى، فقد كان يفكر دائماً فى تحسين أوضاع الشيعهء فى المناطق البعيدهء، و قد قدم اطروحات عديدهء كسبل للعلاج.
لق كانت مسألهء التبليغ و الارشاد تحتل الصدارهء فى اهتمامات سماحته، كذلك امداد المؤمنين و مساعدتهم، لذلك أمر بتأسيس مؤسسظ عالميهء لتنظيم و رعايهء شؤون المؤمنين فى أبعد نقاط الولايات المتحدهء الأمريكيهء ألى شمال أفريقيا و جنوبها و من اندونسيا و استراليا إلى أوروبا الوسطى و الغربيه.
مركز هذه المؤسسهء فى لندن و تعرف باسم(مؤسسهء الإمام الخوئى الخيريهء) حيث لها فروع فى عدد من العواصم الأوربيهء و أمريكا و الهند و باكستان و الخليج و لبنان و مسجلهء رسمياً لدى هذه الدول.
أما الأهداف الأصليهء لهذه المؤسسهء هى:
«تأسيس المراكز الإسلاميهء، و المكتبات و المدارس العصريهء لانقاذ الناشئهء و الحيلولهء دون ذوبانهم فى الثقافهء الغربيهء، انشاء مراكز للتبليغ و الارشاد، لنشر الفكر الإسلامى‌
الصحيح، و كذلك تأسيس مراكز الخدمات الاجتماعيهء من قبيل دور الايتام و مدارس التمريض و المستوصفات و مراكز توزيع الكتب».
لأبناء الإمام الخوئى دور بارز فى قيام بالخدمات الدينيهء و نشر الثقافهء الإسلاميهء وهم:
١. حجهء الإسلام و المسلمين السيد جمال الدين الخوئى: الذى كان علماء الحوزهء العلميهء، كان يجيد التكلم بعدهء لغات و ينظم الشعر بالفارسيهء.