بدون امر خدا از شهر بيرون آمده است، بدين جهت در همان تاريكيهاى شب و شكم ماهى و ظلمت دريا فرياد به استغاثه و توبه برآورد. خداوند ناله او را پاسخ گفت و به نهنگ دستور داد كه يونس را به ساحل اندازد. وقتى از شكم نهنگ خارج شد، بيمار بود.
خداوند بر بالين او بوته كدويى رويانيد تا سايبانش باشد و وقتى كسالتش برطرف شد، او را به سوى قوم خود باز فرستاد.
قوم يونس، بعد از خارج شدن او، با مشاهده طليعه عذاب، از كفر و الحاد خود پشيمان شدند و توبه كردند و به درگاه خدا روى آوردند و با تضرع و زارى، رهايى از عذاب را طلبيدند. خداوند نيز بر آنان ترحّم كرد و عذاب را از ايشان برداشت. وقتى حضرت يونس (ع) وارد شهر شد، او را تصديق كردند و به رسالتش ايمان آوردند و خداوند نيز، مرگ آنان را تا مدت معينى به تأخير انداخت. «١» ذكر يونسيه‌ حضرت يونس (ع) پس از گرفتار شدن در تاريكيهاى سه گانه (شكم ماهى، عمق دريا و شب) نيز وظيفه بندگى خويش را فراموش نكرد و در برابر پروردگار به نيايش پرداخت و گفت: «جز تو خداوندى نيست و از هر عيب و نقصى مبرايى و من از ستمكاران بودم». بعد از اين توجه و توبه و اعتراف، رحمت خدا دوباره شامل او شد و از شكم ماهى نجات يافت.
اين ذكر شريف در بردارنده سه نكته مهم است كه اگر كسى صادقانه به آنها اعتراف كند، خداوند او را از بلا و گرفتارى نجات مى‌دهد.
اول، اعتراف به توحيد و تنها خدا را مؤثر دانستن.
دوم، اعتراف به پاك و منزه بودن خداوند از هر عيب، ظلم و ستم و هر چه با مقام كبريايى‌اش منافات داشته باشد.
سوم، اعتراف به گناه و تقصير خويش.
خداوند بعد از نقل ذكر يونس مى‌فرمايد:
اورا از غم‌واندوه نجات‌داديم و (وعده‌مى‌دهدكه) ديگران‌را نيز اين‌چنين نجات‌مى‌دهيم.