نسبت آيةالله شهيد سيد محمد صدر، قدس‌سره، با سلسله‌اى كه از نظر صحت، وضوح و تواتر كم‌نظير است‌به امام هفتم امام موسى كاظم، عليه‌السلام، مى‌رسد. داستان ولادت آن بزرگوار خود جلوه‌اى است از لطف و فضل بى‌كران الهى. مادر گرامى ايشان از داشتن فرزند نااميد بود به همين دليل در اثناى سفر حج‌به پيامبر اكرم متوسل شد و نذر كرد كه اگر صاحب پسرى شود او را محمد بنامد. بدين ترتيب پس از مدت زمانى كوتاه اين حاجت‌برآورده گشت و آيةالله سيد محمد صدر در سالروز ولادت پيامبر عظيم‌الشان اسلام ١٧ ربيع‌الاول سال ١٣٦٢ ق. پاى به عرصه وجود گذارد.

ايشان تحت‌سرپرستى جد مادرى خود آيةالله العظمى شيخ محمدرضا آل ياسين، قدس‌سره، كه از مراجع مشهور بودند و مدتى پس از وفات سيد ابوالحسن اصفهانى، قدس‌سره، به عنوان بزرگترين مرجع شناخته شده بودند، همچنين پدر بزرگوارشان حاج سيد محمدصادق صدر، قدس‌سره، پرورش يافتند و بدين ترتيب از همان ابتداى كودكى در خانه علم و فضل طعم شيرين علم را چشيدند كه انعكاس اين آموخته‌ها را مى‌شد در خلق رفيع، بزرگوارى و گشاده‌رويى و سعه صدر ايشان مشاهده نمود.

سيد محمد صدر، قدس‌سره، دروس حوزوى را در سنين كودكى و در سال ١٣٧٣ ق. آغاز كرد. دروس ابتدايى را نزد پدر بزرگوارش و سپس سيد طالب رفاعى و شيخ حسن طرد عاملى فرا گرفت و بقيه مقدمات را نزد سيد محمدتقى حكيم صاحب كتاب «اصول العامة للفقه المقارن» و شيخ محمدتقى ايروانى آموزش ديد. در سال ١٣٧٩ ق. شروع به فراگيرى كليات فقه كرد، فلسفه الهيه را نزد شيخ محمدرضا مظفر و اصول و فقه مقارن را نزد سيد محمدتقى حكيم و فقه را نزد شيخ محمدتقى ايروانى فرا گرفت. سيد محمد صدر در اين دوره همچنين از محضر شيخ مهدى مظفر در زمينه كليات فقه، سيد عبدالوهاب كربلائى در زمينه زبان انگليسى، دكتر حاتم كعبى در علم نفس و دكتر فاضل حسين در تاريخ بهره برد. و در زمينه زبان انگليسى و تاريخ از جمله موفقترين دانشجويان به شمار مى‌رفت.

با پايان يافتن كليات، سيد محمد صدر در سال ١٣٨٣ ق. وارد مرحله بالاتر شده به فراگيرى كفايه و مكاسب پرداخت. ايشان كتاب كفايه، نوشته آخوند خراسانى، را نزد سيد محمدباقر صدر، بخشى از كتاب مكاسب نوشته شيخ مرتضى انصارى را نزد سيد محمدتقى حكيم و بقيه آن را نزد شيخ صدر باكوبى يكى از مبرزين فضلاى حوزه كه به ورع و راستى مشهور بود تلمذ نمودند.

پس از فراگيرى كفايه و مكاسب به مرحله فراگيرى دروس خارج رسيد و همزمان از جلسات درس خارج اصول شهيد محمدباقر صدر و آيةالله خوئى استفاده نمود. در