مدتى در كوفه ساكن بود و كوفيان اخبار آن جناب را اخذ ميكردند و او نيز اخبار آنها را اخذ نمود . پس از مدتى اهل قم از وى در خواست كردند كه در قم مسكن گزينه وى هم دعوت آنان را اجابت فرمود و در آن شهر اقامت جست و در همين شهر از دنيا رفت. مجلسى دوم به عقيده پدرش اعتراض كرده و گفته : ظاهر اين است كه بعضى از اولاد على بن جعفر در قم مدفون بوده ، و بر قبرش اسم او را نوشته اند كه مثلاً فلان بن فلان بن على بن جعفر ، و پس از آن اسم حقيقى صاحب قبر از بين رفته و فقط على بن جعفر باقى مانده و اين موضوع باعث اين اشتباه شده كه على بن جعفر در قم مدفون است ، زيرا كه در تاريخ قم كليه سادات و اشراف و علويانى كه به قم آمده اند ذكر شده اند ، ليكن از على بن جعفر نام برده نشده است ولى از اولاد او در تاريخ قم ذكرى شده ، البته واضح است كه مؤلف تاريخ قم از ذكر على بن جعفر با آن جلالت و بزرگوارى و عظمت و شهرت غفلت نخواهد كرد ، پس بنابر اين وجود قبر على بن جعفر در قم مورد ترديد است و مشهور اين است كه وى در « عريض » از دنيا ررفته باشد. در تنقيح المقال گويد : شاهد بر قول مرحوم مجلسى دوم اين است كه على بن جعفرر در زمان حضرت جواد در مدينه بوده ـ روايت هاى رجال كشى و روايت مرحوم كلينى در كافى كه قبلاً نقل شد مويد اين است ـ وعمرش در اين هنگام در حدود هشتاد سال بوده است ، و بعيد بنظر ميايد كه وى بعد از اين به كوفه آمده باشد و در اينجا مدتى اقامت نمايد ، و پس از آن به قم برود و در آنجا هم مدتى مسكن گزيند. بالنتيجه على بن جعفر جلالت و بزرگواريش بزرگتر از اين است كه در اين چند صفحه گنجانيده شود اخبار و روايات زيادى در صحت عقيده او موجود است علماء