امام و مشاوره‌هاى سياسى و علمى خليفه دوم‌ حضرت على عليه السلام بسان دوران خليفه اوّل، مشاور مهم و گره‌گشاى بسيارى از مشكلات علمى و سياسى خليفه دوّم نيز بود، كه به عنوان نمونه به دو مورد آن اشاره مى‌كنيم.
پس از شكست سپاه ايران در «قادسيّه»، يزدگرد سپاهى عظيم به فرماندهى فيروزان ترتيب داد تا جلو حملات بعدى را بگيرد. حاكم كوفه از طريق نامه، خليفه را از جريان مطّلع ساخت. عمر به مسجد رفت و در مورد اين‌كه در مدينه بماند يا در منطقه‌اى ميان بصره و كوفه براى رهبرى سپاه فرود آيد، با اصحاب مشورت كرد. برخى مثل طلحه و عثمان نظر دوم را تأييد كردند و افزودند به سپاه شام و يمن بنويس كه آن‌ها نيز به تو ملحق شوند. ولى على عليه السلام با هر دو نظريه مخالفت كرد و فرمود: شهرى كه به تازگى به تصرّف مسلمانان درآمده نبايد از ارتش اسلام خالى بماند.
چون در اين صورت ممكن است ارتش حبشه، يمن را و ارتش روم، شام را اشغال كند. نسبت به نكته اول نيز فرمود: تو اگر مدينه را ترك كنى ممكن است اعراب اطراف از اين فرصت استفاده كرده، فتنه‌اى بر پا كنند.
علاوه بر آن شركت تو در جبهه مايه جرأت دشمن مى‌گردد، زيرا اگر چشم عجم‌ها فردا بر تو افتد خواهند گفت: اين اساس و ريشه عرب است، اگر قطعش كنيد راحت مى‌گرديد.
عمر با شنيدن سخنان امام عليه السلام از رفتن منصرف شد و گفت: رأى، رأى‌