ارزنده‌اى از زندگى به آنان و همه مسلمانان آموخت. سپس امر خلافت پس از خود را به فرزند بزرگوارش امام حسن عليه السلام واگذارد. و ديگر فرزندان و بزرگان خاندان و پيروانش را بر اين امر، گواه گرفت، و كتاب و سلاحش را به وى تحويل داد.
امام چون از وصايايش فارغ شد، علايم مرگ را احساس كرد و به تلاوت قرآن پرداخت. آخرين آيه‌اى كه خواند اين آيه بود:
«فَمَنْ يَعْمَلْ مِثْقالَ ذَرَّةٍ خَيْراً يَرَهُ وَ مَنْ يَعْمَلْ مِثْقالَ ذَرَّةٍ شَرّاً يَرَهُ». «١» سرانجام در روز ٢١ ماه رمضان، سال چهلم هجرى، در حالى كه ٦٣ سال از عمر شريفش مى‌گذشت، روح پاك و مطهّرش از اين جهان پرواز كرد و به عالم بقا رهسپار شد.
امام حسن عليه السلام به كمك ديگر فرزندان و ياران امير مؤمنان عليه السلام به تجهيز پدرِ شهيدش پرداخت و پس از غسل و كفن، چون پاره‌اى از شب گذشت، آن پيكر مقدس را در حالى كه فقط عقب جنازه را گرفته بودند از كوفه بيرون برد و در محلى كه امروز نجف اشرف است، بر او نماز گزارد و مخفيانه به خاك سپرد. «٢» سَلامٌ عَلَيهِ‌ يَوْمَ وُلِدَ وَ يَوْمَ اسْتُشْهِدَ وَ يَوْمَ يُبْعَثُ حَيّاً