پس از گفت‌وگوى بسيار، هنگامى كه از همه جا نوميد و مأيوس شده بودند، تصميم گرفتند كه به فرياد رس درماندگان حضرت ولى‌عصر (ع) توسّل جويند و حل مشكل جامعه خويش را از او بخواهند. براى اين كار ده تن از شايستگان را از ميان خويش برگزيدند و آنان نيز از ميان خويش سه نفر را انتخاب نمودند تا هر كدام شبى رو به بيابان نهد و ضمن راز و نياز با خدا و توسّل به حجّت حق حضرت مهدى (ع) از او مدد بخواهد. شب اوّل، يكى از سه نفر رفت و از شامگاه تا بامداد به نماز و دعا و استغاثه پرداخت، ولى دست خالى بازگشت. نفر دوم شب دوم رفت، امّا او هم كارى از پيش نبرد و مأيوسانه به نزد شيعيان بازگشت. شيعيان فوق‌العاده مضطرب شدند. تنها يك شب ديگر فرصت دارند كه جواب مسئله را آماده كنند و اگر آن شب هم مأيوس برگردند و شب سپرى گردد، بايد آماده مشكلات فراوان و يا كشته شدن بگردند. همه مردم دست به دعا برداشتند. شب سوم، جناب محمّد بن عيسى را كه از بهترين مردان علم و تقواى آن سامان بود، به بيابان فرستادند. آن بزرگوار با سرو پاى برهنه به صحرا رفت و در درگاه خدا با قلبى خاضع و خاشع و پر از اخلاص، به نماز و دعا و گريه و زارى پرداخت و از خداخواست كه به وسيله حجّت و خليفه‌اش امام عصر (ع) بندگانش را مدد كند و با چشمان اشك‌بار و دلى پرنور و شور، چهره بر خاك نهاد و حضرت مهدى (ع) را به فريادرسى مى‌طلبيد. در اوج سوز و گداز و مناجات بود كه نداى دل‌نشينى گوشش را نوازش داد. خوب گوش داد. متوجّه شد شخصى اسم او را مى‌برد و به او مى‌گويد: محمّدبن عيسى! چرا سر به صحرا نهاده و در غم و اندوه گرفتار آمده‌اى؟ پاسخ داد: بنده خدا! مرا به حال خود واگذار كه براى كارى خطير آمده‌ام. پرسيد: كارت چيست؟ پاسخ داد: جز به مولا و آقايم امام زمان نخواهم گفت. فرمود: محمّدبن عيسى خواسته‌ات را بگو، من صاحب‌الزّمانم. پاسخ داد: اگر به راستى شما آقايم هستيد، نياز به بيان نيست. فرمود: بله راست مى‌گويى. شما براى گرفتارى شيعيان در خصوص انار و تهديد حاكم سر به صحرا گذاشته‌اى. محمّدبن عيسى مى‌گويد: وقتى اين كلام معجزه‌آسا را از مولايم شنيدم، متوجّه او شدم و به او عرض كردم شما مى‌دانيد چه بر سر ما آورده‌اند و شما امام ماييد و قدرت داريد كه اين بلا را از ما دور كنيد. حضرت ولى‌عصر (ع) فرمودند: اى محمدبن عيسى! در خانه وزير، درخت انارى است كه وقتى انارهايش درشت مى‌شد، او قالبى خاص از گِل را به صورت انارساخت و آن را به طور دقيق به دو نيم نمود و ما بين آنها را تهى ساخته، آنگاه جملات مورد نظر خويش را به طور معكوس در داخل آن قالب حك كرده و بر روى انار نارس محكم بسته است. وقتى انار داخل آن قالب بزرگ مى‌شد اثر آن نوشته‌ها روى اناربه مرور زمان نوشته شده و باقى‌ماند. از اين رو فردا نزد امير مى‌روى و به او مى‌گويى پاسخ را آورده‌ام، امّا تنها در خانه وزير خواهم گفت. وقتى شما چنين بگويى، وزير تلاش مى‌كند به صورتى خود را پيش از شما به خانه برساند و قالب را نابود سازد. شما نبايد اجازه بدهى برود و يا با كسى سخن بگويد. به همراه امير و وزير و ديگران هنگامى‌كه به سراى وزير وارد شديد، سمت راست حياط غرفه‌اى است كه درب آن بسته است. بگو درب آن را بگشايند. هنگامى كه وارد شدى در تاقچه اتاق كيسه خاصى است و آن قالب گِلين در آنجا قرار گرفته است. آن را بردار و در برابر امير بگذار و انار را در آن قالب بگذار تا براى حاكم حقيقت معلوم شود و بدانند كه اين توطئه ابليس است نه كار خدا.

بگو ما از درون انار خبرمى‌دهيم و اگر انار را بشكنند، دانه‌اى ندارد و جز دود و خاكستر در درونش نخواهيد يافت. از وزير بخواه تا آن انار را بشكند، آنگاه خواهى ديد كه جز دود چيزى در درون آن نيست ودود آن بر چهره و ريش پليدش خواهد نشست. محمّدبن عيسى وقتى اين مطلب را از مولاى خود حضرت بقيّةالله (ع) شنيد، بسيار خوشحال شد. زمين ادب را مقابل آن حضرت بوسيد و با خوشحالى به ميان مردم برگشت، تا مژده لطف حضرت مهدى (ع) را به آنها بدهد. بامداد آن شب جاودانه، بزرگان شيعه همراه با محمّدبن عيسى به كاخ امير رفتند و گفتند كه پاسخ لازم را آورده‌اند، امّا تنها در خانه وزير بيان خواهند كرد. وزير از شنيدن اين جلمه بر خود لرزيد. امّا به روى خويش نياورد و سعى كرد با خوش‌رويى اجازه بگيرد كه براى آماده ساختن اوضاع به سراى خويش پيش از همه برود. امّا محمّدبن عيسى نپذيرفت و به حاكم گفت شرط جواب دادن ما اين است كه همه با هم به خانه وزير برويم. وقتى به خانه وزير رسيدند، محمّدبن عيسى وارد منزل شد و طبق نشانى‌اى كه مولايش به او داده بودند، يك سره به سراغ اتاق و تاقچه آن رفته، قالب گِلى را از داخل كيسه بيرون آورد و به حاكم و همه ناظرين نشان داد و حاكم متوجّه خيانت و حيله‌گرى وزير شد. محمّدبن عيسى گفت: جناب امير! نشانه ديگرى نيز براى حقانيت ما وجود دارد و آن خبر دادن از درون انار است. پس از بيان محمّد بن عيسى از درون انار، وزير آن را باز كرد، طبق فرموده امام عصر (ع) دود و خاكستر از درون آن به سر و صورت وزير نشست. حاكم از كشف حقيقت و نيز اين خبرحيرت‌آور غرق در بهت و تعجّب شد و از محمّدبن عيسى پرسيد: اين مطالب را از كجا دانستى؟ محمّدبن عيسى گفت: اين مطلب را از امام زمان، حجّت خدا حضرت حجّت‌بن الحسن المهدى (ع) گرفته‌ام. حاكم سؤال كرد: امام شما كيست؟ جناب محمّدبن عيسى نام يك يك از ائمّه اطهار (ع) را با حضرت ولى عصر (ع) برد و خاطرنشان ساخت كه او پناه و ملجأ ما در زمان ماست. امير گفت: اينك دستت را بده تا من نيز به مذهب اهل بيت (ع) ايمان بياورم. سپس دستور داد وزير را اعدام كنند و از آن پس از شيعيان عذرخواهى كرد و سياست خوش‌رفتارى با شيعيان را در پيش گرفت. اين داستان در ميان مردم بحرين مشهور است و جناب محمّدبن عيسى نيز در بحرين مورد احترام مردم است.