وبا همه‌گير شد. طغرل سلجوقى به يارى خليفه آمد و محلّه كرخ به دست اهل سنّت غارت گرديد و به آتش كشيده شد. فشار شديد سلجوقيان پيروان اسماعيلى را به سوى كوهستان‌ها كشاند و از همين ايّام قلعه‌گيرى اسماعيليان آغاز گرديد. در اين دوره ديوانسالاران شيعه امامى اندك اندك به دستگاه دولتى راه يافتند، برخى از وزراى اين دوره مانند، سعد الملك آبى، شرف‌الدّين كاشانى و مجد الملك قمى، حتّى وزراى مسترشد، ناصر و مستنصر سه خليفه عبّاسى نيز مذهب شيعه مى‌ورزيدند و احتمالًا از انگيزه‌هاى دشمنى شديد نظام‌الملك با شيعيان همين نفوذ تدريجى آنان در دستگاه ديوانسالارى بوده است. سرسختى نظام الملك در هوادارى از تسنّن و تعصّب ضدّ شيعى وى سرانجام كارد فدائيان اسماعيلى را در سينه وى نشاند و دور نيست كه جانشين او تاج الملك قمى (شيرازى) كه مذهب شيعه داشت در اين توطئه شركت داشته است. سده پنجم و ششم اوج نيرومدى و تك‌كشى‌هاى دهشتبار اسماعيليان است. در آغاز سده هفتم چهار فرقه شيعى مانده بود: سه فرقه غالى، نصيريه، زيديه، اسماعيليه و يك فرقه ميانه‌رو يعنى اماميه.

مغولان به شيوه همه صحراگردان آسياى ميانه از سخت‌گيرى‌هاى مذهبى بركنار بودند. در قلمرو آنان پيروان مذاهب گوناگون در كنار هم زندگى مى‌كردند. اين تسامح در اواخر عهد ايلخانان از ميان رفت و آخرين امراى دودمان ايلخانى كه به آيين اسلام درآمدند در كار دين تعصّب مى‌ورزيدند، چندان‌كه غازان خان فرمان داد تا تمامى آتشكده‌ها، كليساها و معابد را ويران سازند. وى از مذهب تسنّن به تشيّع گرايش يافت و دارالسياده‌ها گشود كه به دستگيرى از سادات مى‌پرداختند. الجايتو پس از مدّتى سرگشتگى در ٧٠٩ ق يكسره به شيعه گرويد. وى براى نخستين بار تشيّع را مذهب رسمى اعلام نمود و فرمان داد تا نام سه خليفه را از خطبه و سكّه بيندازند. تخته‌گاه او، سلطانيه، يكى از مراكز رشد فرهنگ شيعى بود كه بزرگانى چون علّامه حلّى در آنجا درس مى‌گفتند. بروز اوضاع نابسامان اجتماعى درين فروپاشى دولت ايلخانان، قيامى را در خراسان بار آورد كه نهضتى شيعى بود و بر طبقات فرودستى كه از جور فاتحان مغول به جان آمده بودند تكيه داشت. تا آن هنگام بيشتر فرمانروايان ايرانى سنّى مذهب بودند و تشيّع مذهب توده‌هاى مردم به شمار مى‌رفت. سربداران (٧٣٧- ٧٨٨ ق) امرا و خان‌هاى مغول را غاصب و تنها اولاد على (ع) را براى حكومت بر حق مى‌دانستند. حسن جورى (كه خود بيشتر صوفى مى‌نمود) و بازوى مسلح او عبدالرّزاق باشتينى پاى بر اين اهرم مى‌فشردند. دنباله اين نهضت به حكومت سادات مرعشى مازندران و سادات كيايى گيلان انجاميد. در دو سده هفتم و هشتم گونه‌اى تسامح مذهبى همه‌گير شده بود. اهل تسنّن از آن همه عصبيت كاسته بودند و اندكى به تشيّع گرايش يافتند و شيعيان نيز كه بر اريكه قدرت تكيه داشتند راه ميانه مى‌پيمودند و از سب خلفا روى برمى‌تافتند. شعراى سنّى مرثيه و مدح ائمه (ع) مى‌گفتند. طوفان مغول تند باد سهمگين ديگرى در پى داشت. جهان‌گشاى خونريزى به نام تيمور گوركانى كه خود را متديّن شيعى نيز فرا مى‌نمود آنچه را كه از تيغ مغول بر پاى مانده بود و به خاك و خون كشيد (٧٨٢ ق). امّا اين سلطه نيز چندان نپاييد و در كشاكش ملوك طوايف از هم گسيخت (٩١١ ق). در همين روزگار آذربايجان و باختر ايران در كام نبردهاى پياپى اتّحاديّه قبايل تركان فرو رفت. اتّحاديه تركمانان قراقويونلو (٧٧٧- ٨٧٣ ق) كه مذهب شيعه مى‌ورزيدند و تركمانان آق قويونلو (٨٠٠- ٩٠٨ ق) كه اهل سنّت بودند آتش اين جنگ‌ها را دامن مى‌زدند. در اين ميان در قلمرو قراقويونلوها شورشى از شيعيان عرب خوزستان كه خود را پيشگامان مهدى موعود مى‌دانستند، برپا شد. اين نهضت به رهبرى مردى به نام سيّد محمّد (٨٤٥ ق) آغاز گرديد و به فرمانروايى خاندان مشعشع انجاميد. آق قويونلوهاى شيعه مذهب را تار و مار كردند و قدرتى به هم رسانيدند كه بعدها سخت مورد