وقد واجهت هذه الطائفة الكثير من الاضطهاد والقتل والتشريد ، الأمر الذي جعل عندهم عقيدة الخفاء والعمل السرّي من أهم واجبات دعوتهم ، حتّى ألّفوا في ذلك كتباً عديدة ، وقسّموا حالاتهم إلى حالات الظهور وحالات التستّر ، وعرف عندهم مصطلح « دور الستر » يعني فترة الخفاء والتستر .

وهذه العقيدة وإن نفعتهم في حفظ نفوس دعاتهم وأتباعهم ، إلاّ أنّها ولأجل إصرارهم عليها في كل مكان وزمان أدّت إلى ضياع الكثير من تراثهم الفكري والعلمي ، الأمر الذي جعل من الصعوبة على الباحثين ـ وحتّى الإسماعيليّة منهم ـ العثور على الكتب الإسماعيليّة والاستفادة منها ، لا سيّما الكتب التي لم تر النور لحد الآن .

ومن الأسباب التي أدّت إلى خفاء أو اختفاء مؤلّفاتهم أيضاً هو احتواؤها على علوم غريبة ، تعتمد على نظريات دقّية اصطلاحية ، بحيث يصعب على الكثير ، بل الأكثر تقبّلها ، أو حتّى فهمها .