معاصر خود را براى زعامت امت اسلامى نفى كرد و آنان را افرادى فاسق و غاصب منصب خلافت خواند؛ از سوى ديگر در برابر مدّعيان امامت از قبيل برادرش عبداللّه افطح موضع گرفت و در گفتار و عمل صلاحيّت ايشان را براى رهبرى جامعه اسلامى ردّ كرد. اينك دو نمونه:
زمانى موسى بن جعفر عليه السلام به كاخ هارون احضار شد. قسمتى از گفتگويى كه ميان آنان رخ داد چنين است. هارون آغاز به سخن كرد:
- اين دنيا چيست؟
- خانه فاسقان است. خداوند مى‌فرمايد: «به زودى كسانى را كه در روى زمين بناحق تكبر مى‌ورزند از (ايمان به) خود منصرف مى‌سازم. آنها چنانند كه اگر هر آيه و نشانه‌اى را ببينند به آن ايمان نمى‌آورند؛ اگر راه هدايت را ببينند، آن را به‌عنوان راه خود نمى‌گزينند و اگر راه گمراهى را ببينند، آن را راه خود انتخاب مى‌كنند». «١» - پس اين دنيا براى چه كسانى است؟
- براى شيعيان ما مايه آرامش خاطر و براى ديگران مايه آزمايش است.
- پس چرا صاحب آن، آن را در اختيار نمى‌گيرد؟
- در حال عمران و آبادانى از او گرفته شده و تا زمانى كه آباد نگردد آن را پس نمى‌گيرد.
- شيعيان شما كجايند؟
- (امام در پاسخ اين آيه را خواند:) «كافران از اهل كتاب و مشركان (مى‌گفتند: دست از آيين خود برنمى‌دارند تا دليل روشنى براى آنان بيايد». «٢» - پس بدين ترتيب ما كافريم؟! - نه، ولى همچنانيد كه خدا فرموده: «آيا نديدى كسانى را كه نعمت خدا را به كفران تبديل كردند و قوم خود را به سراى نيستى و نابودى كشاندند؟!» «٣»