در جريان جنگ صفين و پذيرش حكميّت، و نيز موضع‌گيرى عليه غاليان و افراطگران در حق امامان عليهم السلام همچون مغيرة بن سعيد، بيان و حمزة بن عماره بربرى، از جمله مبارزات فكرى و فرهنگى آن حضرت در رويارويى با مسلك‌هاى انحرافى عصر خويش است كه مجال تفصيل آنها نيست.
شهاد تاريخ زندگى ائمه(ع) ١٧٣ شرايط سياسى - اجتماعى ص : ١٧١ ت‌ مبارزات و فعّاليتهاى متعرضانه امام باقر عليه السلام و نفوذ روزافزون آن حضرت در ميان مردم و رو به فزونى نهادن پيروان و شيفتگان مكتبش، خشم و كينه هشام بن عبدالملك را نسبت به آن حضرت بيش از پيش برانگيخت، چندان كه تصميم به قتل او گرفت. هشام تصميم خود را توسط ابراهيم بن وليد بن يزيد عملى ساخت. وى امام عليه السلام را مسموم كرد و آن حضرت، در هفتم ذى حجه سال ١١٤ هجرى در حالى كه ٥٧ سال از عمر شريفش مى‌گذشت به شهادت رسيد و پيكر پاكش در بقيع در جوار مرقد پدر بزرگوارش امام سجّاد و امام حسن عليهما السلام دفن شد. «١» امام عليه السلام پيش از شهادتش ودايع امامت را به فرزندش امام صادق عليه السلام سپرد و او را وصىّ خود قرار داد و ضمن وصيّت به چگونگى كفن و دفن خويش به وى دستور داد مقدارى از اموالش را وقف برپايى عزادارى براى وى كند، و نوحه‌گران و مرثيّه‌سرايان به مدّت ده سال در مراسم حج و در سرزمين منا براى آن حضرت عزادارى كنند. «٢»