با رحلت دخت گرامى پيامبر صلى الله عليه و آله و احساس تنهايى و غربت بنا به دلائل فراوانى ازجمله: كمبود نيروى كافى براى احقاق حق خويش، حفظ اسلام و وحدت و يكپارچگى مسلمانان، بيم بازگشت امّت به دوران جاهليّت، خطر توطئه‌هاى خواص اهل باطل و دشمنان خارجى، عدم شناخت و بى‌اعتنايى مردم نسبت به مقام امامت و پريشانحالى مسلمانان، ناچار به تغيير سياست شد؛ با ابوبكر بيعت كرد و فصل جديدى از سياست‌ها، ديدگاه‌ها و موضعگيرى‌هاى سياسى آن حضرت در ارتباط با دستگاه خلافت آغاز گشت.
همكارى توأم با انتقاد حضرت على عليه السلام در اين مرحله از زندگى خود تا آنجا كه مصالح اسلام و امّت اسلامى اقتضا مى‌كرد در زمينه‌هاى فرهنگى و سياسى و محورهاى ديگرى كه به آن حضرت رجوع مى‌شد، با دستگاه خلافت همكارى مى‌كرد. تاريخ موارد زيادى از همكارى آن حضرت با دولتمردان معاصر خود را ثبت كرده است.
اين همكارى و گره‌گشايى از كار خلفا به قدرى چشمگير بود كه آنان بناچار به بزرگوارى، دانش فراوان و خدمات ارزنده آن حضرت در حق دستگاه خلافت اعتراف مى‌كردند؛ چنانكه خليفه دوّم مكرر مى‌گفت: «لَوْ لا عَلِىٌّ لَهَلَكَ عُمَرُ» «١» ؛ يعنى اگر على نبود عمر هلاك شده بود! البته همكارى امام عليه السلام با خلفا هيچ‌گاه به مفهوم تأييد اصل نظام حاكم و سياست‌هاى كلّى آن نبوده است؛ از اين رو امام عليه السلام در كنار اين همكارى‌ها، انتقادها و رهنمودهاى سازنده هم داشته است. آنجا كه تصميم‌گيرى و سياستگذارى خليفه يا ديگر دست‌اندركاران، برخلاف مصالح عمومى امت اسلامى بود، امير مؤمنان عليه السلام ساكت نمى‌نشست و موضوع را به خليفه گوشزد مى‌كرد، ضمن آنكه راه و روش درست و صواب را نيز ارائه مى‌داد.
به‌عنوان نمونه يكى از لغزش‌ها و نقطه ضعف‌هاى عثمان از نظر امير مؤمنان عليه السلام جذب افراد منحرف و بدسابقه به دستگاه خلافت و دادن پست و موقعيّت به آنان بود.