حضرت مهدى (عج) هر چند پس از شهادت پدر بزرگوارش در پس پرده غيب قرار گرفت و از چشم عموم مردم پنهان گشت و همين خلأ موجب شد تا جعفر بيشترين سوء استفاده را بكند؛ ليكن نسبت به فعاليّت‌هاى ضدّ مذهبى وى بى‌تفاوت نبود و در مواقع لازم در برابر آنها موضع مى‌گرفت. اين موضع‌گيريها به دو صورت انجام مى‌شد:
به‌صورت مستقيم و به صورت توقيع از طريق سفيران خود. اينك چند نمونه.
١- در جريان اقامه نماز بر پيكر امام عسكرى عليه السلام: جعفر كه مدعى امامت بعد از برادر خود شده بود براى رسميّت بخشيدن به اين ادعا، نخست خود را در معرض تسليت‌گويى مردم و تبريك امامت خويش قرار داد؛ سپس خود را آماده اقامه نماز بر جنازه امام كرد. وقتى كار غسل و كفن امام به پايان رسيد «عقيد» خادم نزد جعفر آمد و از او براى اقامه نماز دعوت كرد. جعفر در حالى كه شيعيان گرد او را گرفته بودند پيش آمد تا بر پيكر امام نماز بگزارد.
حجّت حق با مشاهده اين صحنه، سكوت و غيبت را روا ندانست و در پيش روى او ظاهر شد و با قاطعيّت خطاب به وى فرمود: «عمو! كنار برو، كه من براى نمازگزاردن بر پدرم از تو سزاوارترم.» آنگاه خود جلو ايستاد و در حضور جمعيّت بر پيكر پدر نماز گزارد «١» و با اين موضع‌گيرىِ بجا، توطئه جعفر را خنثى كرد.
اگر جعفر موفق مى‌شد بر جنازه امام عسكرى عليه السلام نماز بخواند، علاوه بر كسب شهرت و وجهه اجتماعى، سنگ بناى امامت و جانشينى خود از امام يازدهم را بنيان مى‌نهاد؛ چرا كه بهترين راه براى اثبات اين مسأله اقامه نماز بود؛ ولى با حضور بموقع حضرت مهدى (عج) درحالى‌كه رنگ از چهره جعفر پريده بود، با رسوايى عقب نشست.
٢- در برابر ادعاى امامت جعفر: جعفر براى تصاحب جايگاه امامت بعد از درگذشت حضرت عسكرى عليه السلام تلاش‌هاى فراوانى كرد، از جمله به يكى از شيعيان نامه‌اى نوشت و در آن ضمن معرفى خود يادآور شد كه من قيّم برادرم و امام پس از او هستم و دانش حلال و حرام، آن اندازه كه مورد نياز است و نيز علوم ديگر نزد من است.
فرد شيعه نسبت به مطالب نامه مشكوك شد؛ از اين رو، آن را به احمد بن اسحاق- از