مكتب‌ها و مسلك‌هاى اعتقادى نو پا و بى‌اساسى بود كه در دوران امامت آن حضرت پديد آمده يا رشد كرده بودند. اين مسلك‌ها به دو بخش عمده تقسيم مى‌شوند.
الف- مذاهب اسلامى‌ مهمترين اين مذاهب عبارت بودند از: معتزله، مرجئه، كيسانيّه، زيديّه، غلات و صوفيه. پيشواى ششم به تناسب اعتقادات و ميزان انحرافات هر يك از گروه‌هاى ياد شده در برابر آنها موضع گرفت و با روشنگرى و ارشاد، پيروان خود را از فروافتادن در دام آنها حفظ كرد. جهت‌گيرى كلّى حركت امام عليه السلام در برابر پيروان اين فرقه‌ها، هدايت و ارشاد آنان به راه حق بود. ليكن موضع آن گرامى در برابر سران اين گروه‌ها كه افرادى كينه‌توز و شيطان صفت بودند و اميدى به هدايت آنان نبود، موضع برملا كردن چهره ضدّ اسلامى آنان براى مردم و طرد ايشان از سلك امت اسلامى بود.
ب- مكاتب مادّى‌ امام صادق عليه السلام با بيانات و رهنمودهاى كلّى در زمينه مسائل اعتقادى، مناظرات رسمى با سران گروه‌هاى الحادى و برخوردهاى موردى به مبارزه با تفكر زنديقان و مادى‌گرايان پرداخت و از اصول و مبانى اعتقادى مكتب تشيع پاسدارى كرد.
شهادت‌ منصور، خليفه عباسى با وجود آن كه پيشواى شيعيان را تحت مراقبت و كنترل شديد مأموران خويش قرار داده و جاسوسانى بر آن حضرت گمارده بود، سرانجام نتوانست وجود آن گرامى را كه آوازه امامت و رهبرى‌اش تا دورترين سرزمين‌هاى اسلامى رسيده بود، در ميان جامعه تحمل كند و تصميم گرفت آن بزرگوار را مسموم نمايد.
امام صادق عليه السلام در ٢٥ شوال، سال ١٤٨ هجرى در سنّ ٦٥ سالگى با زهر منصور به شهادت رسيد. پيكر پاكش را در بقيع، در كنار پدر گرامى‌اش به خاك سپردند. «١»