دعا امام جواد عليه السلام گاهى به صورت دعا در قنوت نماز اين چنين با خداى خويش زمزمه مى‌كرد:
خداوندا! بر محمّد و آل محمد درود فرست و نصرت و يارى خود را كه خوارى و خذلانى پس از آن نيست و باطل، توان بى‌اثر ساختن آن را ندارد، هر چه زودتر بر ما فرو فرست، و فرصت و موقعيّت گسترده‌اى در اختيار ما قرار ده كه در پرتو آن دوستانت احساس امنيت كنند و دشمنانت ناكام گردند و نشانه‌هايت برافراشته و فرمانها و دستورهايت آشكار و موانعِ وعده‌هايت برطرف گردد.
خداوندا! رحمتهاى خود را بر ما سرعت بخش و خشم و عذاب خود را بر دشمنانت با شتاب فرو ريز.
پروردگارا! ما را يارى كن و به فرياد ما برس و خشم خود را از ما دور ساز و آن را متوجه ستمگران گردان. «١» آن حضرت زمانى كه به دلائلى ازدواج با دختر مأمون را پذيرفت مجموعه‌اى از دعاهاى خود را تحت عنوان «الوَسائل الَى المسائِلِ» به عنوان مهريّه همسرش «ام الفضل» قرار داد و آنها را به عنوان يك سند كه بيانگر مواضع اعتقادى و سياسى آن حضرت است، در اختيار جبهه مخالف و عموم مردم گذارد. اين مناجاتها شامل ده بخش است. «٢» در بخشى از آن آمده است:
بارالها! ستم‌بندگانت در سرزمينهايت گسترش يافته، چندان كه‌عدل را ميرانده و راهها (ى هدايت و رشد) را قطع كرده و حق را نابود ساخته و صداقت و راستى را از بين برده است. خوبى‌ها را پنهان و بدى‌ها را آشكار ساخته است ...
هدايت و رشد) را قطع كرده و حق را نابود ساخته و صداقت و راستى را از بين برده است. پروردگارا