حقه وبراهين إمامته وأقام نفر يسير منهم على أمرهم ودانوا بإمامة عبد الله وهم الفطحية وإنما لزمهم هذا اللقب لقولهم بامامة عبد الله وكان أفطح الرجلين أي عريضهما ويقال انهم إنما لقبوا بذلك لأن داعيتهم الى امامة عبد الله كان يقال له عبد الله بن أفطح وكان اسحاق بن جعفر من أهل الفضل والصلاح والورع والاجتهاد. وروى عنه الناس الحديث والآثار وكان ابن كاسب إذا حدث عنه يقول حدثنى ثقة الرضا اسحاق بن جعفر وكان اسحاق رضى الله عنه يقول بإمامة أخيه موسى عليه السلام وروى عن أبيه النص بالامامة على أخيه موسى عليه السلام وكان محمد بن جعفر سخيا شجاعا وكان يصوم يوما ويفطر يوما ورأى رأى الزيدية في الخروج بالسيف. وروى عن زوجته خديجة بنت عبد الله بن الحسين انها قالت ما خرج من عندنا محمد قط في ثوب حتى يكسوه وكان يذبح في كل يوم كبشا لأضيافه. وخرج على المأمون في سنة تسع وتسعين ومائة بمكة وتبعه الزيدية الجارودية فخرج لقتاله عيسى الجلودى ففرق جمعه وأخذه فأنفذه الى المأمون فلما وصل إليه أكرمه المأمون وأدنى مجلسه منه ووصله واحسن جائزته وكان مقيما معه بخراسان يركب إليه في موكب من بنى عمه وكان المأمون يحتمل منه ما لا يحتمله السلطان من رعيته. وروى أن المأمون أنكر ركوبه إليه في جماعة من الطالبيين الذين خرجوا على المأمون في سنة المائتين فآمنهم فخرج التوقيع إليهم لا تركبوا مع محمد ابن جعفر واركبوا مع عبيد الله بن الحسين فأبوا أن يركبوا ولزموا منازلهم فخرج التوقيع أن اركبوا مع من أحببتم فكانوا يركبون مع محمد بن جعفر إذا ركب الى المأمون وينصرفون بانصرافه.