مجلس مطابق با احكام اسلام باشد آن را تأييد، وگرنه آن را رد مى‌كند. در اين حالت، شوراى نگهبان حكم حكومتى صادر نمى‌كند. نيز، مجلس شوراى اسلامى اختيار صدور احكام حكومتى را ندارد؛ بلكه مجلس موظف به تدوين و تصويب قوانينى است كه بر خلاف شريعت اسلام و دستورات دينى نباشد. فقها و حقوق‌دانان شوراى نگهبان انطباق يا عدم انطباق مصوبات مجلس با اسلام و قانون اساسى را بيان مى‌دارند. گاهى به نظر شوراى نگهبان، يك مصوبه بر خلاف احكام اوليه اسلام است، ولى ادعا مى‌شود كه مصلحت نظام، ضرورت وجود آن را ايجاب مى‌كند. در اين حالت، بررسى آن مصوبه به «مجمع تشخيص مصلحت» واگذار مى‌شود كه از متخصصان مسايل اجتماعى و سياسى تشكيل شده است. اين عده پس از مشورت و رعايت مصالح جامعه، يا عمل به «احكام اوليه» را بر مى‌گزينند و يا خواهان «حكم حكومتى» خواهند شد؛ آن گاه ولىّ‌امر مسلمين نظر مشورتى مجمع تشخيص مصلحت را تنفيذ و به عبارت ديگر، حكم حكومتى صادر مى‌نمايد. اين سخن بدان معنا است كه يك مصلحتِ اقوا در شرايط خاص زمانى و مكانى، مقتضى ترك يك دستور اسلام، به صورت موقت است. اين مصلحت اقوا مورد قبول شرع بوده و سبب مى‌شود كه يك حكم اسلامى به طور موقت تعطيل شود. براى مثال، حج يكى از بزرگ‌ترين دستورات اسلام است و آنچنان اهميت دارد كه اگر مردم قادر به رفتن حج نباشند و يا عده‌اى از روى معصيت و گناه آن را ترك كنند، بر حاكم اسلامى واجب است كه با هزينه بيت المال عده‌اى را براى انجام فريضه حج گسيل كند. با اين حال، گاهى ولىّ‌امر مسلمين به دليل شرايط خاص، دستور تعطيلى آن را براى مدت يك يا چند سال صادر مى‌كند. اين همان چيزى است كه ما به عنوان «ولايت فقيه» بر آن پاى مى‌فشاريم. «ولىّ فقيه» صلاحيت صدور چنين احكامى را دارا‌است.

اين مسأله امرى شناخته شده است و به خصوص از زمان پيروزى انقلاب اسلامى و با فرمايشات حضرت امام خمينى(رحمه الله) بسيار برجسته گشته است و در باره آن كتاب‌هاى فراوان و حتى رساله‌ها و تزهاى دكترى متعددى به نگارش درآمده است. حكم ولايى يا حكومتى از مسلّمات تئورى ولايت فقيه است. كسانى كه در ولايت فقيه تشكيك مى‌كنند، در واقع زمينه صدور چنين احكامى را نفى‌مى‌كنند.

بايد توجه داشت كه حكم حكومتى و تشخيص مصلحت بدان معنا نيست كه هر فرد فاقد صلاحيت و غير متخصصى امرى را به عنوان «مصلحت» مطرح سازد؛ چه اين كه اين حق