فدخل في علم الحكمة وأخذ يطالع كتبها حتّى مهر فيها وألّف فيها كتباً، وحيث لم يحضر فيها على أُستاذ ماهر زلّت أقدامه فضلّ وأضل.
ولعلّ أهم ما نسب إلى الشيخ من مؤاخذات هو الأُمور التالية:
١- إنكاره المعاد الجسماني ودعوى انّ هذا الجسم المادي لا يمكن أن يعود بكلّ ما فيه من كثافة وكدورة.
٢- إنكاره المعراج الجسماني، أي انّ النبي صلى الله عليه و آله و سلم لم يعرج إلى السماء بجسمه المادّي بكل ما فيه.
٣- إنكاره شق القمر المرئي الحقيقي معجزة النبي صلى الله عليه و آله و سلم المتّفق عليها بين المسلمين، ودعوى انّ الّذي انشق انّما هو صورة القمر المنتزعة منه.
٤- الغلو في شأن أهل البيت عليهم السلام وإعطاؤهم بعض المقامات الّتي لا تصحّ إلّاللَّه‌تعالى، مثل القول بأنّ اللَّه تعالى فوض كلّ ما في الكون إليهم من الخلق والرزق والحياة والممات وما إلى ذلك، والقول بأنّ علمهم حضوري وليس حصولي يعني انّهم يعلمون بكلّ ما كان وجميع ما يأتي على نحو يكون ذلك كلّه حاضراً في ذهنهم وذاكرتهم في كلّ حين كما يرون العين.
حقيقة الشيخية:

ولم يكن في بادئ الأمر شي‌ء باسم الشيخية، ولا كان في نيّة الشيخ تأسيس فرقة جديدة أو الدعوة إلى مذهب جديد، ولكن المواجهة الحادة والجدال الّذي بلغ أوجه بين الشيخ ومعارضيه، واستمر بعد وفاته بين أنصاره‌