مصالح كشور، پس از حكم ديوان عالى كشور به تخلف از وظايف قانونى يا رأى مجلس شوراى اسلامى به عدم كفايت سياسى وى، در اختيار ولى فقيه است. «١» بنابراين، نظارت ولىّ فقيه بر رياست جمهور كه رئيس قوه مجريه است يا به صورت مستقيم و يا از طريق شوراى نگهبان اعمال مى‌شود.
ج- ولايت فقيه و قوه قضاييّه:
شأن قضاوت از شؤونات خاص ولى فقيه عادل بوده و در عصر غيبت، بر عهده فقيه واجد شرايط است. از اين رو، نظارت ولىّ فقيه بر دستگاه قضايى در اصولى از قانون اساسى تبيين شده است:
١- با توجه به بند شش از اصل يك صد و ده، نصب عالى‌ترين مقام قضايى كشور بر عهده ولىّ فقيه است. «٢» ٢- عفو يا تخفيف مجازات محكومين بنابر بند يازده از اصل يك صد و ده، بر عهده ولىّ فقيه است، كه با پيشنهاد رئيس قوه قضاييه صورت مى‌گيرد. «٣»