محراب در محلى ساخته شده‌است كه رسول خدا (ص) در آنجا نماز مى‌گزاردند. محراب فعلى از زمان سلطان اشرف قايتباى (از سلاطين مصر) باقى مانده است. افزون بر محراب اصلى دو محراب ديگر نيز در مسجد وجود دارد: يكى، محراب عثمانى؛ منسوب به سلاطين عثمانى كه در ديوار جنوبى مسجد است و اكنون امام جماعت در آن محراب مى‌ايستد و ديگرى، محراب سليمانى است كه در زمان سليمان عثمانى ساخته شد و اكنون در سمت راست محراب رسول‌اللّه بعد از منبر قرار دارد.