اين مسجد در محل جنگ‌احزاب (خندق) قرار گرفته و از مساجد معروف مدينه است. از آن جهت اين نام بر آن گذاشته شده كه در سال پنجم هجرت، پيامبر (ص) و مسلمين در اطراف اين مسجد در غزوه خندق بر كفّار پيروز شدند. پيامبر (ص) در اين مسجد دعا كردند كه بر كفار غلبه يابند و خداوند دعاى ايشان را اجابت فرمود به نحوى كه بشارت فتح در سيماى آن حضرت نمايان شد. جنگ خندق همان جنگ احزاب است كه كفّار قريش و قبايل بنى‌وائل، بنى‌غطفان، بنى‌مره، بنى‌اسد، بنى‌فزاره، بنى‌اشجع و از يهوديان؛ قبايل بنى‌نضير و بنى‌قينقاع با هم متحد شده، براى ريشه‌كن كردن اسلام مدينه را محاصره كردند. اين سپاه كه عددشان به ده هزار نفر مى‌رسيد بزرگترين خطر براى اسلام و مسلمين بودند.

رسول خدا (ص) كه از عزيمت اين سپاه با خبر شدند، با سرعت در حوالى اين مسجد موضع گرفتند و براى دفاع آماده شدند. نيرويى كه آن حضرت فراهم آوردند سه هزار نفر بود. مسلمين تنها راه مقابله خود را با دشمن، با راهنمايى سلمان فارسى، در كندن خندق ديدند. لذا خندق عميقى به دور قسمتى از شهر مدينه كه ناحيه شمال‌غربى محسوب مى‌شد و بى‌حفاظ بود حفر كردند.

اين خندق كه ١٢٠٠ متر طول آن بود از يك جهت به شهر مدينه و از ديگر جهت به كوه سلع منتهى مى‌شد. بنابر روايتى اين خندق را مسلمانان در مدت شش روز حفر كردند.

در اين هنگام سپاه كفر، فوج‌فوج از پس يكديگر رسيدند. كار به جايى رسيد كه ياران پيغمبر از محاصره قريش در تنگنا قرار گرفتند.