لشكر قزلباش به ضرب توپ و تفنگ رخنه‌ها در برج و با روى قلعه پيدا كرده، قلعه را حربا و قهرا گرفتند. شيخم ميرزا اسير گرديده، به حكم نجم كشته گشت و فرمود ذكور و اناث، كبير و صغير اهالى قلعه كه بيشتر از پانزده هزار نفس بودند، طعمه شمشير قزلباش گرديدند. سادات آن ولايت با اولاد و عيال پناه به مسجد جامع بردند و كس نزد امير محمد بن يوسف فرستاده، گفتند كه ما از منتسبان خاندان على المرتضى هستيم و يقين كه لشكر قزلباش خودشان را از محبّان جد بزرگوار ما مى‌دانند؛ لايق آنكه احوال ما را به امير نجم رسانيده، عيال و اطفال ما را از قبل او ايمن سازى.

امير محمد يوسف استدعاى سادات را به عرض نجم رسانيد. نجم در جواب او گفت كه، لشكر ما ملكى را كه به جنگ مى‌گيرند، بزرگ و كوچك، سيّد و ناسيّد، عالم و جاهل ملاحظه ننموده، همه را مقتول مى‌سازند. اين لفظ را كه قزلباشان شنيدند، به سوى مسجد شتافته، تمامى سادات را با اولاد و عيال بعد از هتك عرض به قتل رسانيدند!

بعد از اين بى‌عصمتى و هتاكى و سفاكى به صوابديد بابر شاه متوجه بخارا گرديدند؛ زيرا كه عبيد خان و جانى بيگ سلطان در بخارا بودند و خيال جنگ با قزلباشان، در اين شهر داشتند. امير نجم ثانى كه به دو فرسخى بخارا رسيد، شنيد كه تيمور سلطان ولد عبيد خان و ابو سعيد سلطان ولد كوجم خان از سمرقند با سپاه زياد بيرون آمده‌اند. امير نجم بيرام بيگ قرامانى را به دفع آنان مأمور كرد.

اوزبكان كه از توجه آنان اطلاع به هم رسانيدند، در قلعه غجدوان درآمده، متحصّن شدند. امير نجم آنها را محاصره نمود. تيمور سلطان و ابو سعيد سلطان فوجى از مردم خود را بيرون فرستادند تا با قزلباشان مقاتله نمايند و لشكر قزلباش آنها را استقبال نموده، بعد از كشش و كوشش بسيار، اوزبكان شكست خورده پناه به قلعه بردند. اما روز ديگر هم اوزبكان بيرون آمده، باز تا مغرب جنگيدند.

مغرب به قلعه رفتند. اين معامله فى ما بين فئتين به طول انجاميد و در اردوى نجم آذوقه نماند. بنابراين، بابر پادشاه به نجم گفت، بهتر اين است كه از غجدوان دست كشيده، زمستان را در بلخ بگذرانيم تا آن وقت آذوقه قلعگيان هم تمام خواهد شد، بعد سر آنها ريخته كار خودمان را به انجام برسانيم. امير نجم قبول ننموده گفت: فردا جنگ سلطانى مى‌اندازيم.

روز يكشنبه سوم ماه رمضان على الصباح لشكر اوزبيك از ميان درختان ظاهر شد.

صورت حال آنكه چون عبيد خان و جانى بيگ سلطان شنيدند كه كار نجم ثانى در غجدوان پيش نمى‌رود، لشكر زياد با هم برداشته، بر سبيل ايلغار متوجه غجدوان شدند.

بعد از وصول به غجدوان، ملحق به ابو سعيد سلطان و تيمور سلطان شده، به ميدان جنگ آمدند. لشكر قزلباش كه گرسنه و از فحاشى و بدرفتارى نجم به ستوه آمده بودند، از اردوى او در رفتند و متوجه سمت خراسان شدند. نجم ثانى و بيرام بيگ لشكر اوزبيك را استقبال‌