در اين زمان بود كه پدرش اصرار كرد به اصفهان بيايد. او هم همه چيز را گذاشت و به اصفهان آمد. اما پس از مدتى پدرش را از دست داد و راهى شهر مشهد شد. و هفت سال در جوار حضرت على بن موسى الرضا (ع) از انوار آن مضجع شريف بهره‌ها برد.

علامه ميرجهانى در اين ايام فعاليت‌هاى علمى‌اش را ادامه داد. در كتابخانه آستان قدس رضوى نسخ خطى قديمى را تصحيح مى‌كرد. بقيه اوقاتش را هم به تدريس و نوشتن مى‌گذراند. محل اصلى فعاليت‌هاى ايشان در مشهد، دو حجره در صحن عتيق بود. بعد از هفت سال به تهران نقل مكان كرد و در آنجا نيز به تبليغ و تأليف مشغول شد كه حاصل اين تلاش بى‌وقفه، آثار ارزشمند بسيارى است. برخى از اين تأليفات با خط خوش آن مرحوم به زيور طبع آراسته شده‌اند و از آن جمله: كتاب نوائب الدهور فى علائم الظهور است كه طى چهار جلد مجموعه‌اى مفصل، بى‌نظير و گرانقدر را از نشانه‌هاى ظهور به تفكيك بيان ائمه (ع) و برخى ديگر از مطالب مهدوى به همراه بخشى اشعار پر از سوز و گداز ايشان در فراق حضرت مهدى (ع)، در چند نوبت چاپ شده است. اين اثر همواره كارگشا براى اهل تحقق و كتابى جذاب براى اهل مطالعه به شمار مى‌آمده و از زمان انتشار اوليه مورد استفاده بسيارى قرار گرفته است ..

سال‌هاى آخر عمر گهربارش به شهر اصفهان بازگشت و به آن ديار بركت ديگرى داد. با وجود پيرى و كهولت سن به منبر مى‌رفت و صحبت‌هاى شيرينش مردم را به اهل بيت (ع) جذب مى‌كرد. روز سه شنبه بيستم جمادى الثانى سال ١٤١٣ ق. مصادف با سال ١٣٧١ ش. چراغ عمر اين عالم بزرگ رو به خاموشى رفت. مردم اصفهان پيكر مطهر علامه ميرجهانى را پس از تشييعى پرشكوه و در خور شأن، در بقعه علامه مجلسى (ره) در مسجد جامع اصفهان به خاك سپردند.

٢. تشرفات و مكاشفات‌

مى‌فرمودند: به دستور استادم آقا سيد ابوالحسن اصفهانى (ره) براى اصلاح برخى از امور و كارها از نجف اشرف رفتم به سامرا پول هم زياد با خود برده بودم. اول پول‌ها را بين اهل علم و خدام حرم عسكريين (ع) تقسيم كردم. مخصوصاً براى آسايش و امنيت بيشتر زائران، به خدمه حرم و سرداب مقدس پول بيشترى دادم. به همين دليل آنها براى من احترام بيشترى قائل بودند. يك بار كليددار حرم گفت: آقا اگر در اين مدت كه اينجا تشريف داريد، امرى داشتيد، من در خدمت حاضرم. من هم از او خواهش كردم كه اجازه بدهد شب‌ها در حرم عسكريين (ع) بمانم و دعا كنم. آنها هم قبول كردند. ده شب در حرم مطهر عسكريين (ع) مى ماندم و آنها در را به روى من مى‌بستند و مى‌رفتند. اذان صبح مى‌آمدند و در را باز مى‌كردند. شب دهم شب جمعه بود. توى حرم خيلى دعا كردم و زيارت و تشرف به خدمت مولايم حضرت صاحب الامر (عج) را خواستم. موقع صبح كه در را باز كردند، بعد از خواندن نماز صبح به سرداب مقدس مشرف شدم. چون هنوز آفتاب نزده بود و هوا تاريك بود، شمعى در دست گرفتم و از پله‌هاى سرداب پايين رفتم. وقتى به صحن سرداب رسيدم، ديدم بدون اينكه چراغى باشد آنجا روشن است. آقاى بزرگوارى هم نزديك صفّه مخصوص نشسته بود و ذكر مى‌گفت. از جلوى او گذشتم. سلام كردم و مقابل صفّه ايستادم. زيارت آل‌ياسين راخواندم و ايستادم به نماز و زيارت، در حالى كه جلوتر از آن آقا بودم. بعد از نماز «دعاى ندبه» را خواندم وقتى به جمله «و عرجت بروحه إلى سمائك» رسيدم، آن آقا گفتند:

اين جمله از ما نرسيده بگوييد «و عرجت به إلى سمائك» بعد گفتند:

«هيچ‌وقت بر امامت تقدم نكن».

دعا را تمام كرده و به سجده رفتم. در سجده بود كه چيزهاى ديگرى به ذهنم آمد. اينكه سرداب بدون چراغ روشن بود، اينكه آن» آقا «گفت اين جمله دعاى ندبه از ما نرسيده، اينكه تذكر داد چرا بر امامت مقدم شده‌اى؟ فهميدم چيزى كه در حرم مطهر حضرت عسگرى (ع) از خدا خواستم، نصيبم كرده است. از سجده كه سر برداشتم، خواستم دامن حضرت را بگيرم و با ايشان صحبت كنم، حاجاتم را بخواهم، اما ديگر دير شده بود. سرداب تاريك بود و هيچ كس هم جز من آنجا نبود. وقى بيرون مى‌آمدم، با خود زمزمه كردم:

من كه مخمور از مى سرشار ديدارم هنوز		باز مشتاق فروغ روى دلدارم هنوز
گر طبيب از بهر درمانم شراب وصل داد		ليك حق داند كه من از هجر بيمارم هنوز
جان حيران بر لب آمد در تمناى وصال‌		فخرم آن باشد كه پيش گل رخان خارم هنوز[١]