با وجود اين رهنمودها، اختلاف‌نظرهايى ميان گروه‌هاى سياسى رخ داد. اين‌بار نيز امام (قدس سره) ضمن طبيعى دانستن اختلاف‌نظرها، بر وحدت و پافشارى بر اصول تأكيد كرد. در پيام ايشان در سال ٦٧ كه به «منشور برادرى» معروف شد، آمده است:

در حكومت اسلامى هميشه بايد باب اجتهاد باز باشد و طبيعت انقلاب و نظام همواره اقتضا مى‌كند كه نظرات اجتهادى- فقهى در زمينه‌هاى مختلف ولو مخالف با يكديگر آزادانه عرضه شود و كسى توان و حق جلوگيرى از آن را ندارد ... اختلاف اگر زيربنايى و اصولى شد، موجب سستى نظام مى‌شود.[١] در دى‌ماه سال ٦٧ هيئتى به سرپرستى آيت‌الله جوادى آملى، از سوى امام خمينى (قدس سره) براى ديدار با گورباچوف و رسانيدن پيام ايشان به مسكو رفت. امام (قدس سره) در نامه‌اى نكات مهمى را متذكر شد كه گوياى توجه به مسئوليت‌ها و وظايف در ابعاد فراملى نهضت اسلامى است. در بخشى از اين نامه آمده است كه مشكل شما مبارزه بيهوده با خداست كه مبدأ آفرينش است. از اين پس مى‌بايد كمونيسم را در موزه‌هاى جهان جستجو كرد؛ زيرا مكتب مادى نمى‌تواند با ماديت پاسخگوى نيازهاى بشر باشد.[٢] پس از آن، مقابله‌هاى جديدى با انقلاب و نظام جمهورى اسلامى آغاز شد كه نوشتن كتاب آيات‌شيطانى نمونه‌اى از اين جهت‌گيرى‌ها بود. صدور حكم ارتداد سلمان رشدى در تاريخ ٢٥ بهمن ١٣٦٧، از سوى امام (قدس سره) بار ديگر اهميت و جايگاه ايران را در قوت رهبرى و گردهم آوردن اعتراضات پراكنده (وحدت مسلمين) نشان داد. نكته مهم در اين رخداد، توجه به وحدت سريع غرب و سپس سستى و فروپاشى آن در مقابله با نظام جمهورى اسلامى ايران است.

شش روز پس از اين حكم، جامعه اقتصادى اروپا سفرا يا رؤساى هيئت‌هاى ديپلماتيك را فراخواند و بدين‌ترتيب مبارزه علنى‌تر عليه اسلام آغاز شد.[٣] با اين همه، در فاصله كمتر از دو

[١]. همان، ص ١٧٧ و ١٧٨.

[٢]. همان، ص ٢٢٦- ٢٢٠.

[٣]. مؤسسه فرهنگى قدر ولايت، آيات شيطانى، ص ٤٧.