فهرست موضوعات بحارالانوار بدين شرح است: عقل، علم و جهل، توحيد، عدل، معاد، احتجاجات، مناظرات، قصص انبياء، تاريخ و سيره پيامبر اكرم(صلى الله عليه وآله)، امامت، فتنه ها، غصب خلافت، تاريخ و احوال ائمّه اطهار(عليهم السلام)، جهان خلقت، مكارم اخلاق، آداب و سنن و موضوعات فقهى.

حضرت امام خمينى(قدس سره) درباره بحارالانوار مى نويسند:

كتاب بحارالانوار، كه تأليف عالم بزرگوار و محدّث عالى مقدار، محمدباقر مجلسى است، مجموعه اى است از قريب چهارصد كتاب و رساله كه در حقيقت، يك كتاب خانه كوچك است كه با يك اسم نام برده مى شود. صاحب اين كتاب چون ديده كتاب هاى بسيارى از احاديث است كه بهواسطه كوچكى و گذشتن زمان ها از دست مى رود، تمام آن كتاب ها را بدون آن كه التزام به صحّت آن ها داشته باشد، در يك مجموعه به اسم بحارالانوار فراهم كرده و نخواسته كتابى علمى بنويسد يا دستورات و قوانين اسلام را در آن جا جمع كند تا در اطراف آن بررسى كرده و درست را از غيردرست جدا كند. در حقيقت، بحار، خزانه همه اخبارى است كه به پيشوايان اسلام نسبت داده شده، چه درست باشد، چه نادرست. در آن، كتاب هايى هست كه خود صاحب بحارالانوار آن ها را درست نمى داند و او نخواسته كتاب عمل بنويسد... پس نتوان هر خبرى كه در بحار است به رخ دين داران كشيد; آن، خلاف عقل يا حق است. چنان كه نتوان بى حجت، اخبار آن را رد كرد، كه موافق سليقه ما نيست، بلكه در هر روايتى بايد بررسى شود و آن گاه با ميزان هايى كه علما در اصول تعيين كرده اند، عمل بدان يا نبودن آن را اعلان كرد.[١]

[١] كشف الاسرار، امام خمينى(قدس سره)، ص ٣١٩.