امام عليه السلام از همانجا به كوفه بازگشت. «١» شهادت محمّد بن ابى‌بكر محمد بن ابى‌بكر پس از دريافت نامه اميرمؤمنان عليه السلام، نامه‌هاى معاويه و عمروعاص را با لحن تند و قاطعى پاسخ داد. و مردم را به پيكار با مهاجمان دعوت كرد. و از نيروهايى كه اعلام آمادگى كرده بودند حدود دو هزار نفر را تحت فرماندهى «كَنانَةِ بنِ بِشْر» به سوى دشمن روان ساخت، و خود با دو هزار تن ديگر در پشت سر او قرار گرفت. در اوّلين برخورد بن دو سپاه، موجهاى پى در پى هجوم پيشتازان سپاه شام بر مدافعان و ياران «محمد بن ابى‌بكر» ارتش تدافعى كوچك مصر را درهم شكست. عمرو براى معاويه بن حُدَيج پيغام فرستاد و از او يارى خواست. اندكى نگذشت كه معاويه با سپاهى انبوه ميدان را پر كرد.
مخالفان مصرى با تمام نيرو در برابر كَنانه قرار گرفتند. كنانه وقتى ديد از شدّت درهم فشردگى دشمن، نمى‌تواند اسبش را حركت دهد، به زمين پريد، ياران او نيز پياده شدند كنانه در حالى كه افراد دشمن را سخت مى‌كوبيد اين آيه را مى‌خواند:
«و ما كانَ لِنَفْسٍ أنْ تَمُوتَ الّا بِأِذْنِ اللَّهِ كِتاباً مُؤَجَّلًا» «٢» هيچ كس جز به اذن خدا نخواهد مرد. (مرگ) بر طبق سررسيدى است كه تعيين شده است.
و آن قدر جنگيد تا به شهادت رسيد.
باقى مانده سپاه، پس از شهادت كنانه و از هم گسستن رشته فرماندهى از گرد «محمد بن ابى‌بكر» پراكنده شدند و او ناچار به خرابه‌اى پناه برد. «ابن حُدَيج» رهبر شورشيان مصر به جستجويش پرداخت تا سرانجام او را در ويرانه‌اى يافت و دستگير كرد. و پس از اينكه با شمشير گردنش را جدا كرد بدنش را در پوست خَر مرده‌اى كرد و آتش زد. «٣» چون خبر قتل «محمد بن ابى‌بكر» به معاويه و مردم شام رسيد اظهار شادمانى كردند، عَبْدالرَّحمن بنِ مسيِّب مى‌گويد: