جنگ نهايى‌ با پايان گرفتن محرّم، مذاكرات نيز پايان يافت و دو طرف آماده جنگ شدند.
اميرالمؤمنين عليه السلام فرمان داد خطاب به سپاهيان شام ندا دهند:
«اى مردم شام! اميرمؤمنان عليه السلام مى‌فرمايد: من به شما مهلت دادم شايد به سوى حقّ بازگرديد. و به كتاب خدا با شما احتجاج كردم، ولى شما از سركشى و طغيان دست بر نداشتيد و دعوت حقّ را پاسخ نگفتيد. پس آماده جنگ شويد كه خدا خيانتكاران را دوست ندارد.» آنگاه به تنظيم صفهاى لشكرش پرداخت. معاويه نيز نيروهاى خود را آراست. «١» اميرمؤمنان عليه السلام هنگام آراستن سپاه، خطاب به آنان فرمود:
«به جنگ آغاز مكنيد مگر اينكه دشمن مبادرت ورزد، زيرا شما بحمداللَّه داراى حجّت هستيد و آغازگر بودن آنان حجّت ديگرى است عليه‌شان؛ پس هرگاه آنان را شكست داديد، آنكه گريخته است نكشيد و بر زخميان نتازيد، و عورتى را كشف نكنيد، و كشته‌اى را مُثْلَهْ نسازيد. هرگاه به آنان دست يافتيد وارد خانه‌اى نشويد مگر با اجازه من. اموالشان را نگيريد مگر آن قسمتى را كه در ميدان افتاده باشد. زنان را نيازاريد گرچه شما و رؤسا و نيكانتان را ناسزا گويند؛ زيرا آنان ناتوان و كم خرد هستند ...». «٢» پس از آن «اشْتَرْ» را به فرماندهى سواران كوفه، و «سَهْلِ بن حُنَيْف» را به فرماندهى نيروهاى بصره منصوب كرد. فرماندهى پياده نظام كوفه را به «عمّار ياسر» و پياده نظام بصره را به «قَيْسِ بن سَعْد» و فرماندهى قاريان كوفه و بصره را به «مِسْعَر بن فَدَكىّ» داد.
پرچم را نيز به هاشم مِرقال سپرد. «٣» در اوّلين روز ماه صفر، سال ٣٧، جنگ ميان دو سپاه آغاز شد. نيروهاى كوفه به‌