ابن زيد، وعلي بن جعفر بن محمد، فقتلوا من أصحابه مقتلة عظيمة، وطعنه خصي كان مع محمد بن جعفر فصرعه. وكر أصحابه فتخلصوه، ثم رجعوا فأقاموا بثبير في جبله مدة، وأرسل هارون إلى محمد بن جعفر وبعث إليه ابن أخيه علي بن موسى الرضا، فلم يصغ إلى رسالته. وأقام على الحرب. ثم وجه إليه هارون خيلا فحاصرته في موضعه، لانه كان موضعا حصينا لا يوصل إليه، فلما بقوا في الموضع ثلاثا ونفذ زادهم وماؤهم، جعل أصحابه يتفرغون ويتسللون يمينا وشمالا، فلما رأى ذلك لبس بردا ونعلا، وصار إلى مضرب هارون فدخل إليه وسأله الامان لاصحابه، ففعل هارون ذلك. هكذا ذكره النوفلي. وأما محمد بن علي بن حمزة فإنه ذكر أن هذا كان من جهة عيسى الجلودي لا من جهة هارون، ثم وجه إلى أولئك الطالبيين فحملهم مقيدين في محامل بلا وطاء ليمضى بهم إلى خراسان، فخرجت عليهم بنو نبهان. وقال علي بن محمد النوفلي: خرج عليهم الغاضريون بزبالة، فاستنقذوهم منه بعد حرب طويلة صعبة، فمضوا هم بأنفسهم إلى الحسن بن سهل، فأنفذهم إلى خراسان إلى المأمون. فمات محمد بن جعفر هناك، فلما أخرجت جنازته دخل المأمون بين عمودي السرير فحمله حتى وضعه في لحده، وقال: هذه رحم مجفوة منذ مائتي سنة، وقضى دينه، وكان عليه نحوا من ثلاثين ألف دينار.