سلسله آشوبها که خانه و کتابخانه‌اش به تاراج رفت به نجف مهاجرت کرد و حوزه علمیه را در آنجا تأسیس کرد و در سال ٤٦٠ در همانجا در گذشت .
قبرش در نجف معروف است .
شیخ طوسی کتابی در فقه دارد به نام " النهایة " که در قدیم الایام‌ کتاب درسی طلاب بوده است . کتاب دیگری دارد به نام " مبسوط " که فقه‌ را وارد مرحله جدیدی کرده است و در عصر خودش مشروحترین کتاب فقهی شیعه‌ بوده است . کتاب دیگری دارد به نام " خلاف " که در آنجا ، هم آراء فقهاء اهل سنت را ذکر کرده و هم رأی شیعه را . شیخ طوسی کتابهای دیگر نیز در فقه دارد . قدما تا حدود یک قرن پیش اگر در فقه " شیخ " به‌ طور مطلق می‌گفتند مقصود شیخ طوسی بود و اگر شیخان می‌گفتند مقصود شیخ مفید و شیخ طوسی بود .
شیخ طوسی یکی از چند چهره معروفی است که در سراسر فقه نامشان برده‌ می‌شود . خاندان شیخ طوسی تا چند نسل همه از علما و فقها بوده‌اند . پسرش‌ شیخ ابوعلی ملقب به مفید ثانی ، فقیه جلیل القدری است ، و بنابر نقل‌ مستدرک الوسائل [١] او کتابی دارد به نام " امالی " و کتاب " النهایة " پدرش را نیز شرح کرده است .
مطابق نقل کتاب " لؤلؤالبحرین " دختران شیخ طوسی نیز فقیه و فاضله‌ بوده‌اند . شیخ ابوعلی فرزندی دارد به نام شیخ ابوالحسن محمد ، بعد از پدرش ابوعلی مرجعیت و ریاست حوزه علمیه به او منتقل شد و بنابر نقل‌ ابن عماد حنبلی در کتاب " شذرات الذهب فی

[١] جلد / ٣ ص . ٤٩٨