سوم، تأسيس و سازماندهى نهاد مرجعيت: شهيد اول به وجهى بنيانگذار نهاد مرجعيت بود، اين نكته‌اى است در تاريخ فقه كه كمتر كسى به آن توجه كرده و بايد روى آن كار شود. تا قبل از شهيد اول، فقهاى ما تشكيلات مرجعيتى سازمان يافته نداشته‌اند كه مرجع در حوزه‌اى مستقر باشد و وكلايى را در مناطق اطراف نصب كند كه مردم را به مرجع ربط بدهند. اولين فقيهى كه مرجع را به عنوان «نايب امام» مطرح كرد كه بايد تمام امور حسبيه و وجوهات شرعى به او به عنوان نايب امام سپرده شود، شهيد اول بود. در كتب فقهى قبل از مرحوم شهيد آمده است كه وجوهات را يا دفن مى‌كردند، يا نگه مى‌داشتند تا به امام زمان تحويل دهند، يا مى‌گفتند هر كسى وجوهات خود را هر گونه كه مى‌خواهد ـ در راه خير ـ صرف كند. اولين كسى كه نهاد مرجعيت را تشكيل داد و تصدى اين امور را در اين نهاد سامان داد، مرحوم شهيد اول بود. عمده جرم او هم نزد مخالفان كه براى آن او را شهيد كردند همين بود. در گزارش‌هايى كه عليه او به حاكم جبار مملكت شام مى‌نوشتند، آمده كه «انّه كان يعمل عاملاً...»؛ يعنى او به اطراف عامل مى‌فرستد. اصطلاح «عامل» در عرف حكومتى آن زمان يعنى متولى جمع كردن وجوهات از مردم، و اين كارهاى حكام و مناصب حكومتى بود. تهمتى كه به ايشان زدند اين بود كه او براى خود تشكيلاتى درست كرده و حكومتى دارد، عمّال خود را مى‌فرستد تا از مردم وجوهات جمع كنند. همين اتهام دستمايه آن شد كه او را دستگير كردند و سر انجام حكم به كفر او دادند و او را كشتند و جسدش را سوزاندند.

مرحوم شهيد ثانى مى‌گويد: اول كسى كه فتوا داده خمس و وجوهات را بايستى به نايب امام «و هو الفقيه الجامع للشرايط الحكم» (٢)داد، شهيد اول بود. شهيد اول نه فقط به اين فتوا داد، بلكه به آن عمل كرد و تشكيلات آن را تأسيس كرد و براى اجراى آن نايب و وكيل به اطراف فرستاد.

(٢) يعنى فقيهى كه جامع شرايط حكومت باشد.