متأسفانه در منابع اصلی، نامی از اساتید محقق خواجوئی به چشم نمی خورد. نگارنده برای یافتن آگاهی بیشتر، تمام کتب چاپ شده ایشان را مرور نمود و تنها به اشاره ای برخورد که بیان گر این است که یکی از اساتید ایشان، از شاگردان علّامه آقا حسین خوانساری بوده است. وی در رساله "صلاه الجمعه" می نویسد:

"قال استاد استادنا المحقّق المدقّق، رفع اللّه درجتهما، فی "شرح الدروس": اعلم أن القوم ذکروا أن الاستصحاب اثبات حکم فی زمان لوجوده فی زمان سابق علیه، وهو ینقسم الی قسمین باعتبار انقسام المأخوذ فیه الی شرعی وغیره".[١]

برخی از شاگردان برجسته آقا حسین خوانساری عبارتند از:

١. آقا جمال الدین خوانساری

محقق خواجوئی در رساله "حدوث دهری" به نقد نظر این فقیه متکلّم بزرگ در باب زمان موهوم پرداخته و می نویسد: "قال الفاضل المحقق العلامه، والنحریر المدقق الفهامه، جمال المله والدین، قدس اللّه روضته، فی حواشیه علی الخفریه".[٢]

٢. آقا رضی الدین خوانساری

٣. شیخ جعفر قاضی کمره ای[٣]

[١] ٣. الرسائل الفقهیه ج ١ ص ٤٩٧.
[٢] ٤. سبع رسائل ص ٢٤٢.
[٣] ٥. در جامع الرواه (ج ١ص ١٥٣) می نویسد: "جعفر بن عبد اللّه بن ابراهیم الکمرئی ثقه ثبت عین عارف بالاخبار والتفسیر والفقه والأصول والکلام والحکمه والعربیه، الجامع لجمیع الکمالات ولیس له فی جامعیته وحدّه حدسه وحضور جوابه وذکائه ودقّه طبعه فی عصره نظیر ولا قرین، وکان استاذنا ومعتمدنا وبه فی جمیع العلوم استنادنا". در وقایع السنین والاعوام )ص ٥٥٣) می نویسد: "در روز پنج شنبه ١٤ نوروز سنه ١٠٩٨ شیخ فاضل عالم المعی یلمعی فطن سرآمد ارباب شعور و فطانت و سرکرده جامعیت علوم و فنون شیخ جعفر کمره ای به تکلیف... شاه سلیمان وفقه اللّه قاضی اصفهان شد". در همین کتاب ضمن وقایع سال ١١١٥ق آمده: "در این سال فاضل مدقق صاحب فطرت عالیه شیخ محمّد جعفر کمره ای شیخ الاسلام اصفاهان اراده حج نموده... در دو فرسخی نجف اشرف به رحمت خدا رفت رحمه اللّه و در نجف اشرف مدفون شده در حوالی مدفن علّامه ره. و در این سال آخوند ملا محمّد سراب نیز رفت و مباشر تجهیز مرحمت پناه شیخ محمّد جعفر او شده بود و جمعی از اتباع شیخ مرحوم نیز فوت شدند در این سفر و صبیه شیخ نیز فوت شده بود".