در دوران امامت امام صادق (ع) فرقه‌هاى زيادى به نام اسلام، ليكن منحرف از خط امامت و ولايت، پديد آمده و يا رشد كردند و هر كدام عده‌اى را به سوى خود جذب كردند. مهمترين و مشهورترين اين فرقه‌ها عبارتند از:
١- معتزله: فرقه معتزله در اوائل قرن دوم هجرى و در دوران امامت امام باقر (ع) پديد آمد. «١» مَعْبَد جَهْنّى، غيلان دمشقى و يونس اسوارى نخستين كسانى بودند كه نسبت افعال انسان را به خداوند انكار كردند و گفتند: انسان در انجام افعال خود توانا و مستقل است و خداوند در افعال بندگانش هيچ نقشى ندارد. «٢» اصحاب و ياران پيامبر (ص) كه هنوز زنده بودند از تفكر غلط آنان بيزارى جسته به امّت اسلامى توصيه مى‌كردند كه با «قدريّه» (كه بعدها معتزله ناميده شدند) رابطه برقرار نكنند. به آنان سلام ندهند، به عيادت بيمارانشان نروند و بر جنازه مرده‌هايشان نماز نگزارند. «٣» پس از كشته شدن معبد، واصل بن عطا كه از موالى ايرانى و از شاگردان حسن بصرى بود از استاد كناره گرفت و به تبليغ و نشر آراء مَعْبَد پرداخت. از آن پس پيروان او به نام «معتزله» معروف شدند.
امام صادق (ع)- برغم كشمكشها و اختلافات فكرى موجود- موفق شد با تعليمات و راهنماييهاى لازم، پيروان خود را از فرو افتادن در دام جريانات فكرى حفظ كند. آن حضرت در گير و دار جدال فكرى بين جبريها و قدريها با بيان جمله:
«لا جَبْرَ وَ لا تَفْويضَ وَ لكِنْ امْرٌ بَيْنَ امْرَيْنِ» «٤» نه جبر درست است و نه تفويض، بلكه امرى است ميان آن دو.