نخست از بعد فراگيرى آن نسبت به جميع رشته‌هاى علمى و فنّى كه در تمدن اسلامى و زندگى دنيايى و آخرتى مردم مسلمان نقش داشت. و دوّم از بعد شاخه‌ها و دانشكده‌هاى وابسته كه در بعضى از شهرهاى ديگر مثل كوفه به فعّاليت مشغول بود. مسجد جامع كوفه در آن روز حكم دانشكده‌اى را داشت كه به دانشگاه مدينه وابسته بود و پرورش يافتگان مكتب امام صادق (ع) در آنجا گرد مى‌آمدند و علوم و معارف فرا گرفته شده از آن حضرت را براى مردم بازگو مى‌كردند. پيش از اين به سخن حسن بن على بن وشاء اشاره كرديم كه گفت:
من در مسجد كوفه نهصد نفر بزرگمرد را درك كردم كه همه آنان از جعفر بن محمد حديث نقل مى‌كردند.
ه- استقلال آن: هويت مستقل دانشگاه جعفرى و عدم وابستگى آن به دستگاه خلافت، از مهمترين ويژگيهاى آن بشمار مى‌رود و اين در حالى بود كه ساير مدارس و حوزه‌هاى علمى و مؤسسات آموزشى موجود در آن زمان، هر يك به نحوى زير نظر دولت بودند و از سوى آن ارتزاق كرده مورد حمايت قرار مى‌گرفتند؛ در نتيجه ناچار بودند خط مشى علمى و فرهنگى خود را در چارچوب مصالح حكومتى ترسيم كنند.
اين دو خط مشى «مستقل» و «وابسته» نسبت به حوزه‌هاى علميّه شيعى و اهل سنت از همان زمان صدر اسلام آغاز گشته و تاكنون ادامه دارد. هم اكنون نيز برغم آنكه نظام حق و عدالت جمهورى اسلامى بر ايران حكومت مى‌كند، ليكن حوزه‌هاى علميه تشيّع همچنان مستقل از حكومت و زير نظر مستقيم مراجع بزرگ تقليد اداره مى‌شوند، و اين از مهمترين ويژگيها و امتيازهاى حوزه‌هاى علميّه شيعى است كه از حوزه علميّه بزرگ مؤسس فقه جعفرى سرچشمه مى‌گيرد. «١» تاريخ زندگانى امام صادق(ع) ١٩٦ تفسير قرآن به روال اهل بيت ص : ١٩٦