خلاصه‌ يكى از دستاوردهاى مهّم دانشگاه جعفرى تبيين فقه اسلامى به روش ناب محمدى است.
مقدمتاً بايد دانست كه تفاوت اساسى دستگاه خلافت در اسلام با دستگاههاى ديگر حكومت در اين است كه دستگاه خلافت در اسلام يك دستگاه سياسى- مذهبى است؛ از اين رو خليفه علاوه بر سمت رهبرى سياسى، متكفل امور دينى و مذهبى مردم نيز هست.
با توجه به اين جهت، خلفاى اموى و عباسى كه از اسلام و حقايق آن بيگانه بودند، سعى‌مى‌كردند اين كمبود را از طريق جذب رجال دينى وابسته به خود تأمين كنند تا بدان وسيله بتوانند هم مردم را فريب دهند و هم در مواقع لازم، دستورهاى الهى را به اقتضاى مصالح حكومتى خود دگرگون سازند.
امام صادق (ع) با ايجاد دانشگاه جعفرى و تدريس و تبيين فقه به روشى غير از روش عالمان دربارى، رو در روى دستگاه خلافت قرار گرفت و بدين وسيله تمام تشكيلات مذهبى و فقاهتى رسمى و رايج را كه در خدمت دربار بودند تخطئه كرد و تهى بودن دستگاه خلافت از اسلام و فقه اسلامى را به اثبات رسانيد.
در مكتب امام صادق (ع) بجز علوم ياد شده علوم ديگرى نيز آموخته مى‌شد كه از آن جمله مى‌توان از علم اخلاق، شيمى، فيزيك، طبّ، جفر، علم هيأت، تاريخ و جغرافيا، فلسفه و عرفان نام‌برد.
البته دانش پيشواى ششم فراتر از اين علوم بود و اينها در حقيقت شمه‌هايى از علوم خدادادى آن حضرت بود.
پرسش‌ ١- دستگاه خلافت اسلامى در دوران امامت امامان عليهم‌السلام چه تفاوت اساسى با ديگر دستگاههاى حكومتى داشت؟
٢- وجود علما و فقهاى دربارى چه فوائدى براى دستگاه خلافت داشت؟
٣- نقش امام صادق (ع) در تبيين فقه ناب محمدى را به اختصار بيان كنيد.
٤- آيا اختلاف ميان دو جريان فقه جعفرى و فقه حكومتى صرفاً يك اختلاف اعتقادى بود يا بار سياسى هم داشت؟
٥- بجز علوم دينى چه علوم ديگرى در دانشگاه جعفرى تدريس مى‌شد؟