على (ع) شروع شد. خود خواهان و طاغوتيان، قرآن كريم را وسيله‌اى كردند براى حكومتهاى ضدّ قرآنى و مفسران حقيقى قرآن و آشنايان به حقايق را كه سراسر قرآن را از پيامبر صلى اللَّه عليه و آله و سلّم دريافت كرده بودند و نداى: «انّى تارك فيكم الثقلين» در گوششان بود، با بهانه‌هاى مختلف و توطئه‌هاى از پيش تهيّه شده آنان را عقب زده و با قرآن در حقيقت، قرآن را كه براى بشريت تا ورود به حوض، بزرگترين دستور زندگانى مادّى و معنوى بود، و هست، از صحنه خارج كردند امام صادق (ع) در مبارزه با چنين توطئه خطرناكى و قرار دادن قرآن در كنار عترت، به تفسير قرآن به روش اهل بيت (ع) همت گمارد، بگونه‌اى كه بخش اعظمى از روايات آن حضرت به تفسير قرآن اختصاص دارد. روايات رسيده از امامان (ع) بويژه از امام باقر و امام صادق (ع) در زمينه تفسير قرآن به قدرى زياد است كه بعضى از مفسران، اساس كارشان را بر احاديث قرار داده‌اند. «١» اگر كسى بخواهد بداند پيشواى ششم (ع)- در مقابل آراء و نظرات مخالفان خاندان پيامبر (ص)- چه نقش ارزنده‌اى در تفسير قرآن به روال مذهب اهل بيت (ع) داشته، لازم است مرورى به تفسير شريف «مجمع البيان» بكند و نقطه نظرات آن حضرت را با آنچه كه محدثان و مفسران عامّه درباره آيه گفته‌اند مقايسه نمايد.
از ميان پرورش يافتگان مكتب جعفرى برخى از آنان همچون: حمران بن اعين و ابان بن تغلب در زمينه تفسير و علوم قرآنى مهارت خاصّى داشته و در اين‌باره داراى تأليفاتى بودند.
در پايان اين بحث، به دو سخن پيشواى ششم (ع) در زمينه آگاهيهاى آن حضرت از علوم قرآنى تبرك مى‌جوييم.
«١- وَ اللَّهِ انّى‌ لَاعْلَمُ كِتابَ اللَّهِ مِنْ اوَّلِه‌ الى آخِرِه‌ كَانَّهُ فى كَفى فيهِ خَبَرُ السَّماءِ وَ خَبَرُ الْارْضِ وَ خَبَرُ ما كانَ وَ خَبَرُ ما هُوَ كائِنٌ، قالَ اللَّهُ عَزَّ وَ جَلَّ: فيهِ تِبْيانُ كُلِّ شَيْى‌ءٍ» «٢»