مطابق تصويب كنفرانس ياد شده، وزيران خارجه شش كشور ايران، عربستان، مالزى، نيجريه، سومالى و پاكستان در قاهره ملاقات كرده و امكان تشكيل كنفرانس سران اسلامى را براى رسيدگى به واقعه آتش سوزى مسجد الاقصى، فراهم كردند.
نخستين كنفرانس سران در تاريخ ٣١ شهريور سال ١٣٤٨/ سپتامبر سال ١٩٦٩ در رباط مراكش تشكيل شد. يكى از عمده‌ترين مشكلات اين كنفرانس كه با عدم حضور جمال عبدالناصر و حضور مخفيانه ياسر عرفات به همراه هيأت سومالى قرين بود، اختلاف هند و پاكستان بر سر نمايندگى در كنفرانس اسلامى بود.
اهداف كنفرانس اسلامى‌ اساسنامه كنفرانس اسلامى، اهداف اين سازمان را به شرح زير بر شمرده است:
١- ارتقاى همبستگى اسلامى ميان كشورهاى عضو.
٢- تحكيم همكارى ميان كشورهاى عضو در زمينه‌هاى اقتصادى، اجتماعى، فرهنگى، علمى و ساير زمينه‌هاى مهم و ترتيب دادن مشورتهايى بين كشورهاى عضو در سازمانهاى بين المللى.
٣- تلاش در جهت محو تبليغات و جدايى‌هاى نژادى و از بين بردن استعمار به هر شكل آن.
٤- انجام اقدامات لازم به منظور حمايت از صلح بين المللى و امنيت متكى بر عدالت.
٥- هماهنگ ساختن همه كشورهايى كه به منظور حفاظت از مكانهاى مقدس فعاليت مى‌كنند و پيشتيبانى از مبارزات مردم فلسطين در كسب حقوق و آزاد ساختن سرزمينشان.
٦- ايجاد محيط مناسب به منظور افزايش همكارى و تفاهم بين كشورهاى عضو و ساير كشورهاى جهان.
اصول حاكم بر سازمان‌